其實，麥卡錫的罪惡，不僅僅在隨意誣陷他人為共產黨員，也在對於同性戀者的迫害。而這兩者，在他看來，是有密切的關聯。他曾以參議院調查委員會的名義，發表一篇名為〈同性戀和其他性反常者在政府的就業情況〉（Employment of Homosexuals and Other Sex Perverts in Government）的報告，將同性戀者和共產黨員視為同類，必須從政府部分全面清除。報告中指出：無神論的共產主義，和同性戀的性倒錯，是同一回事，都是罪惡。前者污染了心靈，後者玷污了身體。二者都必須從政府部門徹底清除。

麥卡錫主義受到他所屬的共和黨的大力支持，該黨全國委員會主席蓋•該布里遜（Guy Gabrielson）即附合說：「和共產黨人一樣危險的性變態者（指同志），已在近年滲透我們的政府！」很多著名的精神科醫師，也附和這股惡勢力，宣稱同性戀是一種應該接受「治療」、「矯正」的心理疾病。根據這些「專家」的證詞，麥卡錫主導的參議院調查委員會，最後下結論說：同性戀者「缺乏正常人的感情穩定性」。調查報告指出：同性戀者倒錯的性格，以及薄弱的道德意識，不僅使他們沒有責任感，而且容易被人敲詐、勒索。調查報告還說：只要有一個「在政府機構工作的性變態者，就有可能為其他職員帶來腐敗的影響」。調查委員會的最終結論則是：「美國政府不可容納違法亂紀或違背正常道德標準的人，也不能容納因為個人行為的醜聞，帶給聯邦政府不良聲譽的人員。」而他們所謂的「個人行為的醜聞」，自然是指同性戀行為。

在大力掃蕩政府部門中的同性戀者之下，1947-52間，共有兩百多名同志因而被革職。

麥卡錫對同性戀者的敵視影響極為深遠，在他死後的幾十年裡，有關同性戀公務員會破壞國家安全的說法，仍然甚囂塵上。到了1960年代晚期，同性戀者仍在四處奔走，請求具有同情心的專家，證明他們不會危害國家和社會安全。直到1973年，美國精神病學會理事會才確認，同性戀不是一個精神疾病。並將同性戀是一種精神疾病的說法，從《診斷和統計手冊（DSM）》中刪除。1975年，美國行政部門委員會，也因而放棄麥卡錫的政策，認定同性戀不能做為禁止在聯邦政府工作的理由。

然而，麥卡錫的影響還是無遠弗屆，即使遠在數千里之外的現今台灣，同性戀行為是一種心理疾病，應該接受治療、矯正的說法，仍然盛行在（基督）宗教界。就以台北市政府撥款贊助今年九月的同志婚禮來說，台北市議員厲耿桂芳，就偕同立委雷倩，在（基督）宗教領袖的陪同下，於市議會舉行記者會。出席的（基督）宗教人士齊聲反對台北市政府投入預算，資助同志結婚的活動。新店行道會牧師張茂松甚至以為：「同性戀婚姻合法化，將是人類災難的開端……政府放任同性戀結婚，難道要等到亡國滅種嗎？」這些保守的（基督）宗教人士，無視於同性戀行為不是精神疾病的醫學研究結論，竟還繼續聲稱：同性戀者應該接受「矯正」。經過「治療」之後，即可「回復正常」，成為異性戀者。

值得慶幸的是，由於麥卡錫對於同志的迫害，也直接促使同志運動的興起。美國歷史上第一個具有影響力的同志團體──馬太辛協會（Mattachine Society），就是在麥卡錫大力掃蕩共產黨員和同志的黑暗時期，開始祕密活動。協會主持人享利•赫（Henry Hay），在數度被捕入獄的情形下，終於在1954年，加入了美國共產黨。協會新加入的成員，誓言：「世界上的同性戀者，將不會感到孤獨和被遺棄。」這個協會的貢獻，除了掀起後來一連串如火如荼的同志平權運動之外，更具體的是：為心理醫生、專家，尋找調查、實驗的對象（同志），好讓他們客觀地發表研究成果。這一研究成果，當然包括前述1973年，美國精神病學會理事會，將同性戀行為從精神疾病的名單當中刪除。

（2006年9月7日）