97年6月19日行政院院會通過「試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法」修正案，全面開放臺灣地區人民、外國人、香港及澳門居民，得持憑入出境有效證件，經內政部入出國及移民署查驗許可後，由金門、馬祖入出大陸地區

入出國及移民署配合開放「小三通」人員往來政策，修正「試辦金門馬祖與大陸地區通航人員入出境作業規定」，開放國人持有中華民國護照或有效入出境許可證件，即可經金門、馬祖之小三通管道往返大陸地區，同時開放大陸地區人民為臺灣地區人民之配偶或子女、在臺工作外籍人士之大陸配偶，得持憑入出境許可證，經移民署查驗許可後入出金門、馬祖與大陸地區，於97年6月19日開始實施。

配合擴大小三通政策，內政部入出國及移民署同步修正相關「臺灣地區人民申請小三通入出大陸地區須知」及「大陸地區人民申請進入金門馬祖送件須知」。