經建會指出，未來「自由貿易港區」主要機能為單一窗口管理、區內貨物自由流通、廠商自主管理、以及國際商務人士得在區內自由從事商務活動等四項。相關部會將會在一個半月內，提交關務行政（財政部）、營運管理(交通部/經濟部)、商務人士進出(內政部／外交部)、以及其他相關需求及建議事項研析意見，提供經建會彙整，該會也將視實際需要，不定期召開小型協調會議，以期在六個月內彙整全案提報行政院審查。


　有關經建會十九日舉行「自由貿易港區推動方案」的跨部會會議，出席代表包括台北市海運承攬公會、台北市航空貨運承攬公會、全國船聯會及多家中外倉儲及快遞業者與資訊業界代表，承攬業等相關業者在會中除表達「自由貿易港區推動方案」看法外，並期盼政府能儘速訂定施行細則，加快推動進度。


　經建會表示，規劃中的「自由貿易港區」與「經貿營運特區」功能，由於外界容易將其混淆，因此特別澄清指出，規劃中「自由貿易港區」最大特色，在於簡化貿易層次程序，提供區內貨物自由流通，免除關務行政及通關申報，在區內從事商務活動外籍商業人士享有七十二小時落地簽證等優惠。至於區內人員勞動條件及是否享受租稅優惠，將依照現行法規規定，不另制定新制度，與「經貿營運特區」所規劃引進藍領外勞等作法，有相當程度的差距。


　經建會強調，推動「自由貿易港區推動方案」的動機，主要是受兩岸入世、我國戒急用忍政策鬆綁、全球運籌經營模式興起及自由貿易港主導國際貿易流通等因素影響。以香港為例，其所以能在製造業不發達的情況下創造高額海、空轉運營業額，主要關鍵即在於提供現代化高效率的全球運籌服務與環境，明顯看出高效率運籌環境的重要性。相對台灣具有良好的製造能力及地理位置，若能搭配高效率的全球運籌服務，將三者相輔相成，將可吸引高附加價值產業留在台灣發展。


　經建會初步規劃，「自由貿易港區」主要目的及定位為：一、延伸「全球運籌發展計畫」既有成果，持續推動自由化、國際化工作；二、迎接亞太鄰近國家積極設置自由貿易港區之挑戰；三、鬆綁現行轉口、加工再出口管制作業；促進我國高附加價值貿易活動發展；四、活絡港口、機場相關範圍營運效益。