為加強管理原產地證明書簽發作業，國貿局於貿易法中增訂法源依據，並自九十一年元月一日起全面實施原產地證明書電腦化作業。目前該局已採取增訂法源依據、建置原產地證明書電腦作業系統等二項措施加強管理。由於該系統具備各項稽核與控管功能，預期實施後將可有效改善產地證明書簽發作業，並可簡化國貿局及各簽發單位辦理簽發件數的統計作業。

　在建置原產地證明書電腦作業系統方面，該局目前已針對工、商業團體於簽發原產地證明書時，無法確認貨品是否確係由我國通關出口及出口人資格之弊端，規劃原產地證明書電腦化作業，並已開發「原產地證明書電腦作業系統」，各簽發單位可利用網際網路進入該系統，只要登錄原產地證明書部分資料，即可自動檢核貨物是否通關放行及確認出進口廠商登記資料有無問題，並即時回應簽發單位可否核發該筆產地證明書。

為有效管理，國貿局已於貿易法修正草案中增訂二十條之二及二十八條第四項，並擬妥「原產地證明書管理辦法」草案，作為原產地證明書管理之依據，在貿易法架構下，增訂貿易局得委託工、商業團體、財團法人及主管機關簽發原產地證明書，以及簽發單位需使用貿易局建置之電腦作業系統………等相關規定，將可使出口人及簽發單位有所遵循。

國貿局指出，台灣省商業會及台北市商業會採電腦及人工簽發作業雙軌併行方式，已開始實際試用產證線上簽發作業系統；為使所有簽發單位熟諳「原產地證明書電腦作業系統」操作，九十年十一月九日至十二月六日已在國貿易局電腦教室舉辦九場次講習會，針對八十個簽發單位一二六位簽發人員，進行該系統使用操作說明及實地上機演練，並決定自九十一年元月一日起，對於原產地證明書簽發將一律採用電腦化作業，以提昇原產地證明書之正確性，落實管理工作。

近年因歐盟對於來自我國進口之亞麻紗、鞋類及過氧硫酸鹽等產品大幅激增甚為關切，並質疑我工、商業團體簽發之原產地證明書的正確性，並多次派員來華查證其真偽。例如大陸輸歐盟亞麻紗被課徵高額反傾銷稅，有台商涉嫌自大陸地區輸往歐盟之亞麻紗虛報為台灣產製，以規避歐盟課徵反傾銷稅。

　歐盟執委會官員表示，兩年來經查證約有一百件申報自我國進口之亞麻紗均非我國產製，卻冒用我國原產地證明書，因此歐盟海關對我國工、商業團體所簽發原產地證明書的公信力極為質疑，並要求我國儘速採取有效管理措施，以免妨礙我國貨品正常出口。