為提升競爭力，降低航商、業者成本，高雄港務局自九十一年元月一日起，調整多項變革措施。

　一、 商港服務費之收取，依入港之船舶、離境之上下客船旅客及裝卸之貨物收取商港服務費，項目分為船舶、旅客、貨物三項繳納，國際航線船舶依該船每次入港時之總登記噸位，每噸新台幣零點五元，國內航線船舶依前項費率之四成計收；旅客商港服務費，於該旅客每次離境時，以新台幣四十元計收；國際航線之貨物，其收費項目分為散雜貨、整櫃貨及併櫃貨等三項分別計收，惟每一筆報單應繳金額不足新台幣一百元時，不予計收，國內航線依前項費率四成計收。
　二、 自備機具管理費自九十一年元月一日起停收。
　三、 「港埠業務費表」之旅客服務費率，自九十一年元月一日起，由原收取新台幣一百六十元，調降為新臺幣一百二十元。