為配合一段式通關自動化，並開放非駐園區業者辦理報關業務，行政院會通過「科學工業園區設置管理條例」部分條文修正草案，增訂園區事業以保稅名義報運非保稅貨品進口逾期自行申報補稅及被海關查獲之罰則等，另為確保管理費的徵收，園區管理局或分局得要求園區廠商提供相關帳冊，以供查核。

　行政院指出，本次修正草案的目的，在於檢討科學工業園區實務運作，加速業者通關作業及貨品進出口時效，並考量目前貨品實際通關情況，配合財政部於機場或港口辦理一段式通關自動化政策，開放非駐園區的業者也能辦理報關業務；另為配合行政程序法規定，本次修正將科學工業區進口保稅貨品的處罰，提升至法律位階中明文規範。

鑒於科學工業園區廠房面積有限，擴充不易，本次修法參照海關管理保稅工廠辦法增列相關規定，日後園區廠商將得申請將保稅貨品移往園區外，暫存於經園區管理局及海關會勘後，認為安全無虞的倉庫。

　草案修正要點如下：
　一、調整保稅貨品管理辦法之授權內容，並刪除園區事業違規使用通關自動化作業系統之罰則。
　二、配合貿易法令之規定，本條例有關貨物、物資之名稱，通一修正為貨品。
　三、增訂園區事業因特殊原因得向管理局或分局申請核准，提供擔保將保稅貨品暫存於園區外。
　四、明定輸出入貨品除經貿易主管機關規定應申請簽證或核准外，得免辦輸出入許可證。
　五、增列園區事業對樣品及經核准供貿易用之成品，應備置帳冊。
　六、明定管理局或分局得要求園區事業提供相關帳冊以供查核。
　七、增列園區事業以保稅名義報運非保稅貨品進口逾規定期限自行申報補稅及被海關查獲之罰則。
　八、增訂園區事業保稅貨品之應遵行事項違反管理辦法之罰則。
　九、修正園區內之機構或事業未依規定繳納管理費之罰則。
　十、調整保稅業務人員處理自行點驗進出區及按月彙辦業務，違規時之處分規定。