海關確立運輸業、貨棧業者及其分支機構申設登記持憑文件，業者以其分支機構向海關申請設置貨棧登記，除應依規定備具相關文件外，尚需檢具總公司出具之負責人授權書及該分支機構之證明文件；至於運輸業之分支機構向海關申請登記，除應備具相關文件外，尚需檢具總公司出具之負責人授權書及經交通部主管機關核准設立該分支機構或同意備查文件。

　為利於暫時儲存未完成海關放行手續之進出口貨物，就近辦理載運客貨之運輸工具進出口通關，運輸業與貨棧業者通常會在各地設置分支處所，惟業者應持憑何種文件向海關申請設立登記，日前財政部定出明確規範。

　關稅總局表示，按公司之分支機構，本身並不具有獨立人格，不能為權利義務主體，原則上應以總公司名義申辦有關登記，惟為便於事務之執行，可由總公司出具授權書授權各該分支機構負責人辦理登記，申請主體仍應為公司本身。因此業者以其分支機構向海關申請設置貨棧登記，除應依「海關管理進出口貨棧辦法」第八條規定備具相關文件外，尚需檢具總公司出具之負責人授權書及該分支機構之證明文件（其為分公司者應備具公司登記證明書及營利事業登記證，其為辦事處者應備具營業登記證）。

　至於運輸業之分支機構向海關申請登記，除應依「運輸工具進出口通關管理辦法」第十條規定備具相關文件外，尚需檢具總公司出具之負責人授權書及經交通部主管機關核准設立該分支機構或同意備查文件。

關稅總局表示，經完成登記之貨棧、運輸業，如為便於事務執行，改以分支機構名稱向海關申辦登記，非屬「海關管理進出口貨棧辦法」第十二條及「運輸工具進出口通關管理辦法」第十四條所稱公司主體相關事項之變更登記；貨棧業者可憑總公司出具之負責人授權書及該分支機構之證明文件，運輸業者可憑總公司出具之負責人授書及經當地航政機關核准設立該分支機構之文件（船舶運送業），或交通部民用航空局同意備查文件（民用航空運輸業），向海關申辦改以分支機構登記。