入出境管理局修正經經濟部許可在大陸福建投資事業所聘僱員工申請小三通的應備文件，並將四種簡化為「經濟部許可其雇主在大陸地區福建投資事業證明文件」、「經經濟部許可赴大陸地區福建投資事業之聘僱證明」二種。

經濟部許可在大陸地區福建投資事業所聘僱員工，申請小三通應備文件原為「經濟部許可其雇主在大陸地區福建投資事業證明文件」、「臺灣地區本公司派遣或福建分（子）公司之聘僱證明」、「最近一年大陸地區營業所得稅申報（結算）書」、「最近一年之扣繳憑單，或最近一個月完稅及薪資證明」四種。台商反映，提供大陸相關證明文件相當不便，經境管局與陸委會協調，要求繳附之相關證明合併為「經經濟部許可在大陸地區福建投資事業之員工聘僱證明書」，由臺灣地區事業或個人出具，如有不實依刑法偽造文書究責，並可改善在大陸出具文書如為偽造，無法追究責任的缺點。

境管局指出，自九十一年七月三十一日開放許可大陸福建投資事業聘僱臺籍員工可以由小三通中轉臺灣後，發現有福建臺商分公司出具假在職證明供臺灣地區人民申請小三通赴福建旅遊或從事其他活動，因此境管局於今年六月三日修正送件規定，要求繳附「最近一年大陸地區所得申報書」及「最近一年之扣繳憑單，或最近一個月完稅及薪資證明」，實施五個月來，申請量已由一個月一七四○件，減少為一個月九七八件。