海關訂定處理緊急重大事件應變作業要點，並設立緊急應變處理小組，關稅總局由副總局長擔任召集人，督導指揮海關整體緊急重大事件應變處理，各關稅局則由副局長擔任召集人，督導指揮各關稅局緊急重大事件相關應變處理。緊急應變小組為常設性任務編組，對於緊急或重大事件認定，將由權責業務單位主管或召集人依當時事件性質判定，除由權責單位主動通報外，由召集人視事件情況啟動應變機制，指揮所屬處理。

　為使各類緊急重大偶突發事件發生或有發生之虞時立即通報，並採取各種必要之應變機制，有效防範事件擴大，海關訂定該項要點，並公布實施。依該項重大事件處理程序，上班時間海關各單位應於狀況發生三十分鐘內，通報緊急重大事件處理專責聯絡人員及政風單位處理，並立即陳報機關首長及逐級陳報。非上班時間值日人員應依「值日規則」之規定迅速通報。

　至於遇有「防疫、救難及其他重大通關問題」，上班時間關稅總局由副總局長指揮所屬業務主管單位辦理，並對外統一發言，各關稅局由副局長指揮所屬業務主管單位辦理，並對外統一發言及隨時陳報關稅總局處理情形與進度。非上班時間值日人員依「值日規則」規定迅速通報後，依上班時間處理方式辦理。　　

　總局暨各關稅局相關人員若違反作業要點規定，情節重大者將依規定議處，通報聯繫成效卓著者，則得予敘獎。