台北市長選戰在這次九合一選舉中，格外受到關注，由國民黨候選人連勝文對上政治素人柯文哲，經過雙方陣營激烈攻防、抹黑、竊聽…開票結果，由柯文哲拿下85餘萬票贏得選舉；柯文哲說，相信「民主就是人民作主」，也相信「如果有選擇，應該堅持正面和進步的方向」。這些相信的力量終於讓台北市改變成真。

根據中央選舉委員會公布的最終結果，連勝文拿下609,932票、40.82%得票率，柯文哲則斬獲853,983票、57.16%得票率。

回顧上屆選舉，當時國民黨郝龍斌拿下797,865票、55.64%得票率，民進黨蘇貞昌則取得628,129票、43.81%得票率。而在1998年，當時尋求連任的陳水扁拿下688,072票、45.91%得票率，敗給國民黨馬英九766,377票、51.13%得票率。

而在2002年，當時如日中天的馬英九以873102票、64.11%得票率，擊敗民進黨李應元488811票、35.89%得票率。

1998年陳水扁雖無法順利連任，但近69萬張選票，也成為綠營在台北市長的最高得票數，但這次柯文哲與民進黨進行協調後，以在野大聯盟姿態進行參選，成功斬獲853,983票，被視為成功推倒藍綠惡鬥的高牆。