腸道中的菌種可分成三種，「好菌」、「壞菌」以及「中性菌」。好菌指的就是雙喜桿菌、比菲德氏菌、乳酸桿菌等，壞菌就是所謂喜歡吃蛋白質、脂肪的陰性菌，但人體之中大部份的菌都屬於中性菌，平時好菌多時並不會對人體產生什麼影響，但只要體內壞菌過多的時候，這些中性菌就會開始為非作歹。

腸道內不可能完全都只有好菌，壞菌時常潛伏、伺機而動，我們經常小看了這些腸道菌，它們不單只是影響腸道吸收、讓你腹痛、便秘而已等，它是我們腸道最重要的免疫器官，跟能量代謝有莫大的關係。代謝指的就是代謝症狀群，與體重、血壓，甚至一些慢性疾病如糖尿病等都有關係，它的重要性在現今被稱為人體的「第二大腦」，與我們的「第一大腦」息息相關。

生物在演化過程之中，往往先有腸胃這些消化器官，後來才演化出我們現在的「第一大腦」。食物從吃進嘴裡到消化、吸收、排泄的過程，是我們「第一大腦」無法控制的，因此現在很多實驗顯示，我們的情緒、能量代謝也與「第二大腦」息息相關，像是憂鬱症等精神疾病、甚至健康減重等。

有個有趣的實驗是這樣的：「有兩隻老鼠，一隻是體型正常的老鼠，另一隻是天生基因肥胖的老鼠，我們將胖老鼠腸道的菌，灌注到正常老鼠的肛門之中，一段時間過後，原本瘦的老鼠居然胖了起來。」因此我們可以得知，肥胖是一種發炎性的疾病，當身體慢性發炎時，就容易發胖，甚至產生一些疾病如糖尿病、高血壓等，為什麼有些人減肥苦無成果？因為腸道內的菌影響著我們能量的使用、回收、代謝，甚至連食慾都與腸道菌種平衡有關。

現代人因為飲食習慣，經常有便秘的困擾，便秘就是將過多的糞便堆積在體內，使得腸道裡壞菌越來越多，毒素會進入血液裡，身體就會慢性發炎，所以便秘並不只是讓糞便堆積在體內，慢性疾病才是便秘最可怕的後遺症。

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