據調查，新生高案經6次流標，台北市政府97年3月11日舉行第1465次市政會議，當天會議主席為台北市長郝龍斌，決議事項第4項指出，「新生高架橋改善暨中山二橋拆除及新生高架北端引道工程等二項工程招標案，亦請儘速完成，避免工期延宕，衝擊花卉博覽會之推動時程」。

檢方查出，楊錫安發電子郵件給廠商，希望廠商來投標，同時間，前台北市副長林崇一找來營造公會會員開會研究，會員均認為市府出的16億5000萬元底價過低，工信工程公司由於是營造公會理事長，代表會員回信給楊錫安，在郵件上註明「參考價格」，果然，標案不久後即訂出19億5000萬元底價，最後由工信以18億5660萬得標。

檢方認為，如楊錫安單純邀請廠商競標，不涉犯罪，不過，他收到的電子回郵上標明工程「參考價格」，懷疑楊錫安接受廠商建議，催促新工處拉高底價，楊既使沒有收取廠商利益，也與廠商有不法的犯意聯絡。檢方認為，工信、長鴻、皇昌在新生高工程第6次開標時，明知不可能得標，卻甘願犧牲鉅額保證金，故意填載高於招標公告的工程款，造成新工處後來以3家投標金加總除三，廠商被認定「哄抬」工程款，涉嫌圍標，檢察官也一併偵處。