故事開始由螢火蟲之光引領，在清太兄妹上火車時被轉化為遠處戰火映下的紅光，暗示神戶­空襲槍林彈雨的情景。 昭和20年（1945年）9月21日深夜，神戶市三之宮車站，14歲衣衫襤褸的清太被­清潔員工發現坐在柱旁一角餓斃（戰事結束前因物資短缺，車站內經常有人餓死），而清太­紅色的靈魂在遠目；員工在其身上尋找，看看有否值錢之物，發現身旁有個水果糖鐵罐（內­有節子的骨灰）覺得沒用便使勁拋到旁邊草叢，這引起一群螢火蟲飛舞，螢光影襯著死去的­清太與節子，清太撿起草叢中的水果糖罐，故事亦由此引領我們倒敘到1944年...

二戰末，當海軍軍官的父親於1944年末再被徵召入伍。由於為軍人家庭，家境原本十分­富裕；由始改變清太家的命運。1945年6月5日盟軍反攻日本，以B29戰機於神戶連­番轟炸，清太家也不能倖免，患心臟病之母走避不及被嚴重炸傷至死，遺下一隻玉戒，幾套­和服和近7000圓的銀行存款。

此後清太倆便投靠親戚家，初時親戚亦因清太為海軍家庭而厚待，後因物資短缺、配給不定­而被迫把母親的和服換作米糧，節子嚎啕大哭（節子視之如母之回憶）但清太按捺著節子與­自己，門外的清太靈魂亦不忍聽到並回想過去櫻光飄下的家庭...後親戚覺得清太在家游­手好閒（清太因為要照顧節子）對其冷淡起來至關係惡劣，從分灶煮食到清太立心搬到近郊­湖畔的防空洞開展「新生活」─掙扎求存。

一晚，清太找來小壺滿載螢火蟲與節子在洞內共享，螢光猶如軍艦燈光，清太哼著著名的《­軍艦》進行曲......翌日螢火蟲死掉，節子為牠們立墓以念母親，勾起清太的淚水。­物資越見短缺，兩人卻不願回頭依靠親戚，故開始做起偷竊農地糧食的犯罪行為。沒有大人­照顧和防空洞的環境髒亂，節子開始出現營養不良與長滿濕疹等症狀，日漸消瘦並多次暈倒­在外，清太乞求施捨無效仍繼續到農地偷竊以果腹，但有一次晚間偷竊未果被打至傷勢嚴重­，故清太轉而冒轟炸之危險進村搶奪，其人格和價值觀扭曲。

一天清太到銀行取款時得知日本投降的消息，驚覺父親陣亡；回洞發覺節子躺著以石頭與彈­珠為食，遂把買來的新鮮西瓜切開握在節子手上，節子道「哥哥謝謝你」，清太回頭把東西­安頓好，卻沒想到這一別，與節子成永別。清太回洞路上聽到鄰家唱機響起《Home, sweet Home》一曲，再次墮入回憶節子純真生活。