稅法規定為雇主之目的，執行職務而支領之加班費不超過免稅標準者，不必計入個人薪資所得課稅，但是，營利事業如未提供加班紀錄或超過勞動基準法所規定的延長工作時數部分，仍應按薪資支出列帳，並合併為各該所得人之薪資所得扣繳稅款。在實務操作應注意：
1、加班紀錄須詳載簽到、簽退及工作內容，且經有權主管簽核。此外，應按加班工作之內容記入適當之成本或費用科目。
2、加班時數應符合勞基法規定，即每月加班時數不得超過46小時，每日加班不得超過4小時，以上加班時數自91年12月25日勞基法修正公布後已不再有性別之限制（修正前每月男性46小時女性24小時，每日男性3小時女性2小姐），超過時數的加班費應作為所得人之薪資處理。
3、前款每月加班時數46小時之計算，不含國定假日、例假日或特別休假日加班之時數。
4、加班費之計算按平日每小時工資額，前2小時加給1/3，後2小時加給2/3，超過標準時數的加班費應作為所得人之薪資處理。
5、定額或不是按實際加班情形給付加班費者，係屬津貼性質而非加班費，應作為所得人之薪資處理。
6、如果另行發給加班誤餐費，該加班誤餐費應與伙食費合併計算每月免稅限額（一般企業職工每人每月最高新台幣1,800元），超過免稅限額的部分應作為所得人之薪資處理。
7、應備妥支付加班費之印領清冊或撥款證明，如果連支付證明都無法提示，不但費用不能認列，甚至可能被當作虛報費用，除了補稅之外還要受罰鍰處分。