營業人開立統一發票難免發生錯誤，但應該依統一發票使用辦法之規定，收回原開立之統一發票扣抵聯及收執聯，並註明「作廢」字樣，粘貼在原存根聯上，再另行開立正確統一發票交付買受人，不可以只在統一發票上更改，否則，可按銷售額處以百分之一罰鍰，最低不得少於新台幣一千五百元。
如果原來開立的統一發票已經報繳營業稅，於次期之後才收回錯誤的統一發票，並另行開立統一發票交付者，可以向國稅局專案申請退回或留抵重複報繳之稅額。至於無法收回原開立統一發票的，可以請買受人出具證明，若買受人拒絕退還原開立統一發票又不願出具證明者，仍可由賣方營業人單獨向轄區國稅局申辦更正，再由轄區國稅局向通報買方的轄區國稅局處理。
營業人開立統一發票發生錯誤，務必要按上述說明從營業稅的程序處理，否則，依照營利事業所得稅查核準則規定，統一發票作廢未保存
收執聯或（及）扣抵聯，又無法證明確無銷貨事實者，仍應按銷貨認定，並依同業利潤標法核計其所得額。