營業人已如期申報銷售額，但未繳納應納稅額者，應自繳納期限屆滿的次日起，每逾2日按滯納的稅款加徵1%滯納金，並不因已如期申報，而適用自動補報補繳加計利息免罰的規定。
【舉例說明】
甲公司於106年5月15日辦理106年3至4月期銷售額申報，惟未繳納營業稅，遲至106年5月18日才繳納，已逾規定繳納期限3日，依規定應按其滯納的稅款加徵1%滯納金。甲公司不服，認為短漏報稅捐者，依稅捐稽徵法第48條之1規定，納稅義務人主動補報補繳所漏稅款，只要是未經檢舉或未進行調查的案件，均可免除處罰，僅須受較輕的加計利息處分；反觀延遲繳納稅款者，卻須受較重的加徵滯納金處分，遂提起行政救濟，經行政法院裁定駁回。
行政法院裁定理由指出，滯納金的加徵，係因甲公司未於期限內繳納稅款所加的制裁，與是否自行申報或有無經法院裁罰等無關。課徵營業稅所附加的滯納金，其法律性質相當於司法上債務關係的延遲利息，具有對於遲延納稅的民事罰性質。據此，加徵滯納金是對納稅義務人違反結算申報作為義務所為之制裁，乃增進公共利益所必要，與憲法比例原則尚無牴觸。又稅捐稽徵法第48條之1自動補報補繳免罰規定，僅適用在科處罰鍰及刑責案件，本件甲公司僅予加徵滯納金，並未科處罰鍰，自無該條規定之適用。

營業人每期申報營業稅時，如有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報，以免因逾期繳納稅款而遭加徵滯納金。

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