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營利事業有國內外所得應合併申報，其已依外國稅法規定繳納的所得稅則可申請在限額內扣抵應納稅額，值得注意的是，計算國外已納所得稅的扣抵限額時，係以國外所得額為計算標準。

依所得稅法第3條第2項的規定，營利事業之總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其來自中華民國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得由納稅義務人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，並取得所在地中華民國使領館或其他經中華民國政府認許機構之簽證後，自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。

【舉例說明】
查核A公司99年度營利事業所得稅申報案件，A公司在「依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵稅額」欄位申報金額為400餘萬元，經A公司說明該筆稅款係其在99年間於歐洲甲國取得技術服務收入2,000多萬元所繳納給甲國政府的所得稅，A公司並提出相關證明文件，主張應以該已納甲國政府的所得稅額扣抵其99年度結算申報的應納稅額；經國稅局進一步核對資料後發現，A公司確實已將上述技術服務收入2,000多萬元納入申報，但A公司也同時列報該筆收入的相關成本及費用共計1,500多萬元，經減除後，其國外所得額僅為500多萬元，因此，A公司99年度的國外已納所得稅之可扣抵限額只有85萬餘元，計算如下：

(一)國外收入2,000萬元－歸屬國外收入之成本費用1,500萬元＝國外所得 500萬元

(二)（國內所得額800萬元+國外所得額500萬元）×稅率17% = 221萬元

(三)國內所得額800萬元×稅率17% = 136萬元

(四)因加計國外所得而增加之結算應納稅額=221萬元－136萬元=85萬元

也就是說，A公司國外所得於甲國雖已繳納所得稅400多萬元，但只能扣抵國內應納稅額85萬餘元，甲公司必須再補繳稅款315萬餘元。

營利事業如有境外已納之所得稅，除應注意依規定取得合法憑證外，也要注意正確計算可扣抵限額，並依相關稅法規定調整列報。