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行政院於102年2月26日修正發布「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」（以下簡稱機關團體免稅標準），茲考量機關團體多仰賴外界捐款，收入易受景氣循環影響，且其囿於支出須達收入比例70%之限制，每年得累積以備未來從事公益活動之資金有限，影響其從事與創設目的有關活動之能力。為適度鬆綁，以積蓄機關團體從事公益活動之資金，並簡化機關團體申辦結餘款使用計畫之程序，以利其妥籌經費及有效運用，爰修正相關規定。
本次修正機關團體免稅標準第2條(規範免稅要件)及第3條，該局摘要說明修正重點如下：
一、修正第2條第1項第8款適用免稅要件：
(一)機關團體用於與其創設目的有關活動支出占基金之每年孳息及其他各項收入之支出比率，由不低於70%修正為60%。
(二)不符合上開支出比率60%要件，但符合下列情形之一者，仍認屬符合該款免稅要件：
1.當年度結餘款在新臺幣50萬元以下。
2.當年度結餘款超過新臺幣50萬元，已就該結餘款編列用於次年度起算4年內（如101年度之結餘款，需用於102年至105年）與其創設目的有關活動支出之使用計畫，經主管機關查明同意（原規定主管機關查明後須函請財政部同意，修正後已無須再函請財政部同意）。

二、修正第2條，增訂下列規定：
(一)機關團體結餘款使用計畫之支出項目、金額或期間須變更者，經主管機關查明同意後准予變更。惟機關團體最遲應於原使用計畫期間屆滿之次日起算3個月內（如101年度結餘款使用計畫變更，至遲應於106年3月31日前）檢附變更後使用計畫送主管機關查明同意，且該變更後使用計畫仍須用於與其創設目的活動有關並於結餘款發生年度之次年度起算4年內使用完畢。
(二)主管機關依規定核發同意函時，應副知該機關團體所在地之主管稽徵機關。
該局說明，機關團體當年度結餘款未依前述經主管機關查明同意之使用計畫支出項目、金額或期間使用完竣，或其支用有不符合機關團體免稅標準相關規定之情形者，稽徵機關應就當年度之全部結餘款依法課徵所得稅。

本次修正規定對於發布生效日前尚未核課確定之案件均可適用，因此機關團體於今（102）年5月辦理101年度所得稅結算申報時即可適用新規定辦理。機關團體101年度如有不符合支出比例60%要件且結餘款金額超過新臺幣50萬元者，應儘速編列結餘經費使用計畫，報經主管機關查明同意，並依使用計畫使用，避免日後遭國稅局補徵稅款，影響自身權益。