我國已簽署並生效之全面性所得稅協定計25個，另海、空或海空國際運輸所得互免所得稅單項協定計14個。總機構在我國境內之營利事業，如有來自前述所得稅協定他方締約國之所得，可向所在地國稅局申請居住者證明，憑以向他方締約國申請依所得稅協定規定免稅或適用較低之稅率。

按所得稅法第3條第2項規定：「營利事業之總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其來自中華民國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得由納稅義務人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，並取得所在地中華民國使領館或其他經中華民國政府認許機關之簽證後，自其全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額」。惟該中華民國境外所得，如係依所得稅協定屬於他方締約國免予課稅之所得或依所得稅協定適用上限稅率之所得，其因未申請適用所得稅協定而溢繳之國外稅額，則不得依上開規定自其全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵。

營利事業如有來自中華民國境外之所得，而該所得符合所得稅協定規定屬於他方締約國免予課稅者，或依所得稅協定適用上限稅率者，其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額，依適用所得稅協定查核準則第26條第2項規定，不得申報扣抵營利事業所得稅結算應納稅額，營利事業應向所得來源國申請適用所得稅協定退還其溢繳之國外稅額，方屬正確。
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