隨著企業經營逐漸走向人力資本密集，不少企業意識到「員工是企業最重要的資產」，而紛紛祭出各種福利措施來延攬或留住人才，其中之一就是提供員工健康檢查。畢竟有了健康的員工，才能保有充沛的戰力，營造高效率、高品質的工作績效，進而提昇公司的競爭力。
企業實施的員工健康檢查，有的是基於勞工安全衛生法規所規定，有的則是公司另行提供的福利措施。這些員工健康檢查費用，應依該項健康檢查是否為法令所規範，來做不同的稅務處理。

如果是公司依照勞工安全衛生法規，必須支付之健康檢查費用，公司可適用營利事業所得稅查核準則第71條第1款或第81條第5款及第8款規定，核實列報為薪資支出或「職工福利」項下的員工醫療費，這類健檢費用包含下列3項檢查費用：
1、雇主於僱用勞工時，應施行「體格檢查」。
2、對在職勞工應施行「定期健康檢查」。
3、對於從事特別危害健康之作業者，應定期施行「特定項目之健康檢查」。

上述3項費用，除了第2、3項由公司依照勞工安全衛生法負擔之健康檢查費用，免視為勞工之薪資所得外，第1項公司於僱用員工時，對於員工應施行「體格檢查」所負擔之費用，屬於員工職務上取得之補助費，是員工的薪資所得，應於發放時依各類所得扣繳率標準扣繳稅款。
不是依照勞工安全衛生法規定而交付，而是員工自公司支領或給付之其他健康檢查費用，是屬於勞工職務上取得之補助費，應併計為員工的薪資所得，公司除可列為薪資支出外，並應注意於發放時依各類所得扣繳率標準辦理扣繳。