所得稅申報是採用年度結算制度，因此，營利事業如有以前年度的營業虧損，原則上是不能在計算本年度所得時列入扣除，也就是不能盈虧互抵，但是，如果是公司組織的營利事業，同時符合會計帳冊簿據完備、虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證及如期申報等條件者，則可以將經該管稽徵機關核定前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課，簡單來說，就是可以適用盈虧互抵。

【重點說明】
公司要適用盈虧互抵，下述的法定要件缺一不可:
1.公司組織
2.會計帳冊簿據完備
3.虧損及申報年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證
4.如期申報營利事業所得稅

所得稅法第39條已於98年1月21日修正公布，將可以自本年純益額中扣除的以往年度核定虧損，由前五年修正放寬為前十年，請營利事業注意新規定，以免損及公司權益。

「會計帳冊簿據完備」，指的是營利事業依所得稅法、商業會計法及相關函釋等規定，設置帳簿記載，並依法取具憑證。但如果營利事業有交易事實卻誤取得非實際交易對象所開立的憑證，財政部也另以令釋放寬可免視為會計帳冊不完備的標準。
依據財政部令釋規定營利事業的進貨、費用及損失，如果應從交易相對人取得憑證而未取得（例如：取得非實際交易對象出具的憑證），在符合一定的條件下，能提示交易相關文件及支付款項資料來證明有實際交易的事實，經稽徵機關查明屬實，而且沒有以詐術或其他不正當方法逃漏所得稅的情形，就可以視為情節輕微，不會被認定為會計帳冊簿據不完備，仍然可以適用以前年度虧損扣除的規定。
這些必須符合的條件包括已經誠實入帳，而且在稽徵機關發現前由會計師簽證揭露或自行於申報書揭露，或者是經稽徵機關查到應自交易相對人取得憑證而未取得，但是當年度進貨、費用及損失應自交易相對人取得憑證而未取得的總金額沒有超過新臺幣120萬元，或占同年度進貨、費用及損失應自交易相對人取得憑證（含應取得而未取得憑證部分）總金額的比例未超過10%。

營利事業平時交易應依規定取得實際交易對象摯發的憑證，據以詳實入帳，並保持足以正確計算其營利事業所得額的帳簿據憑證及會計紀錄，才不會因一時疏忽，而損及盈虧互抵的權益。