總機構在中華民國境內之營利事業，應依所得稅法第3條第2項規定，就其中華民國境內外全部所得合併課徵營利事業所得稅，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得自結算應納稅額中扣抵，但扣抵數不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。

前揭總機構在中華民國境內之營利事業，得提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，並取得所在地中華民國使領館或其他經中華民國政府認許機構之簽證後，向稽徵機關申報境外所得可扣抵稅額。

【舉例說明】
國稅局局於查核某銀行營利事業所得稅申報案時，發現其列報有國外分行所得及境外所得可扣抵稅額，惟經就所提示所得來源國稅務機關核發之納稅憑證及經所在地我國使領館簽證相關證明查核後，發現與所得來源國稅務機關核發之納稅憑證金額不符，經重新核計後，調增境外所得8,000萬元，調減境外所得可扣抵稅額1,800萬元。

營利事業於結算申報時，應依前揭所得稅法規定，取具所得來源國稅務機關核發之納稅憑證，並確實核算加計之國外所得所增加之應納稅額是否超過限額，以免遭稅捐稽徵機關調整補稅。