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藥商銷售藥品與藥局時，屬醫師處方藥品者，應開立二聯式統一發票；
屬醫師藥師藥劑生指示藥品、成藥及固有成方製劑或其他貨物者，則應開立三聯式統一發票。

藥師、藥劑生親自主持之藥局，如係屬依醫師處方箋從事調劑、供應業務之收入，依加值型及非加值型營業稅法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，為藥師(藥劑生)提供之專業性勞務，屬執行業務所得，非屬營業稅課稅範圍。是以屬醫師處方藥品之進貨，係執行專業勞務之進貨，故藥廠(商)銷售此類醫師處方藥品給藥局時，應依統一發票使用辦法第7條第l項第2款規定開立二聯式統一發票；前開藥局如兼營銷售成藥、指示用藥及其他貨物者，依規定應辦理營業登記，故藥廠(商)如銷售指示 藥品、成藥及固有成方製劑等藥品及其他貨物予該藥局時，應依統一發票使用辦法第7條第l項第l款規定開立三聯式統一發票。

【舉例說明】
乙藥局之營業項目，除依醫師處方箋調劑用藥外，還兼售一般藥品及維他命、奶粉、尿布等，甲藥廠銷貨予乙藥局之藥品，除醫師處方藥品外，尚包含一般藥品時，甲藥廠須將收受之價金予以區分，屬醫師處方藥品之價金應開立二聯式統一發票；屬一般藥品之價金應開立三聯式統一發票。
前述醫師處方藥品依藥事法規定，須由醫師處方或限由醫師使用，故藥局應不得轉售，如事後查獲藥局有違規轉售行為，如藥廠(商)已依藥事法相關規定區分藥品類別，並據以開立統一發票時，不予處罰藥廠(商)，惟該藥局如查得涉有逃漏營業稅情事時，除依加值型及非加值型營業稅法第51條規定處罰外，並應通報其目的事業主管機關依法辦理。