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自102年起至103年止個人證券交易所得課徵綜合所得稅，採「設算課稅」與「核實課稅」雙軌制，除應強制核實課稅者外，其餘個人如欲選定「核實課稅」者，才須於101年11月16日起至12月15日以前，向其證券戶所屬證券商以書面提出申請；如欲選定「設算課稅」者，則無須向證券商申請選定。

102年至103年選定設算課稅之個人，於出售日之前一交易日臺灣證券交易所發行量加權股價指數之收盤指數未達8,500點時，均不課稅；若股價指數在8,500點以上，則以出售金額按推計純益率0.1%～0.3%設算證券交易所得額，並依20%之扣繳率就源扣繳所得稅，惟其不適用盈虧互抵及長期持有優惠規定。若適用核實課稅，應以交易時之成交價格減除原始取得成本及必要費用之餘額為證券交易所得額，按15%稅率課稅。