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部分營利事業有停徵所得稅之證券交易所得，或於營利事業所得稅結算申報時列報各項投資抵減稅額，但漏未申報所得基本稅額，以致違反所得基本稅額條例規定，須補稅處罰。基於愛心辦稅，該局特別呼籲營利事業如有上開情況，應自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款，以免受罰。

營利事業之基本所得額，為依所得稅法規定計算之課稅所得額，加計所得基本稅額條例第7條第1項各款規定免徵、免納或停止課徵營利事業所得稅之所得額後之合計數，計算基本稅額，當一般所得稅額低於基本稅額時，應按基本稅額繳納所得稅。

【舉例說明】
甲公司98年度出售上市公司股票之證券交易所得為28,182,622元，依所得稅法第4條之1規定證券交易所得停止課徵所得稅，該公司未申報該筆證券交易所得，僅列報98年度課稅所得為虧損630,697元，但漏未填報所得基本稅額申報表，經該局依所得基本稅額條例規定計算該公司之基本所得額為27,551,925元，核定補徵營所稅2,555,192元，並按所漏稅額裁處1.2倍罰鍰3,066,230元。
一般所得稅額為營利事業按結算或決算申報所計算之應納稅額，減除依其他法律規定之各項投資抵減稅額後之餘額，故當營利事業列報投資抵減稅額時，亦可能造成一般所得稅額低於基本稅額，而須按基本稅額繳納所得稅。例如該局查獲某乙公司申報99年度營所稅時，列報課稅所得12,609,403元，應納稅額為2,143,598元，該公司全數以投資抵減稅額抵減，但漏未依規定計算及申報基本稅額，經該局計算其一般所得稅額雖為0元，但基本稅額為1,060,940元，乃核定短漏報基本稅額1,060,940元，補稅處罰。
納稅義務人如自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，均可加計利息免罰，營利事業如有短漏報所得基本稅額情事，應即辦理補報並補繳所漏稅款，以免嗣後遭補稅處罰。