環保署為推動南部天然風景區景觀永續發展，有意發行「綠色旅遊消費券」，民眾到該風景區觀光時，如需消費，必須先行購買「綠色旅遊消費券」，再利用「綠色旅遊消費券」作消費，政府再從盈收之中抽取10%存入「綠色固碳基金」，其中台南市選定的是台江國家風景區，邱莉莉指出，根據行動推動期程，此項政策今年就要完成初步期程，明年開始執行，她質疑政策曲高和寡，環保局也趕不及配套作業。

邱莉莉表示，根據這項方案，今年台南市環保局需成立低碳旅遊風景區與綠色商店認證，明年要開始發行綠色旅遊消費券與成立綠色固碳基金，但台江國家風景區廣達三萬九千公頃，環保局能完成作業規劃，並提出推動與效益評估計畫書？

除此，邱莉莉也對環保局今年度施政計畫中「南市環境友善運輸示範計畫」的電動巴士案表示關切，邱莉莉指出此案中央補助一千兩百萬元要完成電動巴士示範運行計畫和搭乘人數的評估，她認為環保局推行此案最好參考經發局電動車的缺點，世界各國主要城市尚未普遍採行電動巴士主因是車大載客量重，充電需求頻繁，台南市地域廣闊如何試行電動巴士，需兼顧正反謹慎評估。