為能有效解決麻豆排水及支流於汛期長久以來造成麻豆區等鄰近地方之淹水之苦，市府與台南市長賴清德多次向中央爭取經費下，預計水利署將編列6.1億元，配合市府自行編列之應急工程約3億元，共約9億元經費將大力整頓麻豆排水及鄰近營後排水、埤頭排水等支流，預計相關工程明(102)年底就能完工，台南市長賴清德今(29)日視察後表示，所有工程施作完成後，將可改善現今麻豆排水淹水問題之八成，不僅如此，未來市府還將持續爭取經費，希望在任內就徹底解決麻豆排水長年以來的淹水問題，讓民眾生命財產獲得充分保障。

賴市長今(29)日上午在市府水利局長李孟諺陪同下前往麻豆區真理橋視察麻豆排水，賴市長現場表示，親水大台南是他任內的施政目標，除了要改善大台南的水患問題外，還要讓市民擁有更多親水空間，目前市府以各類治水工程為施政重點，解決水患優先，麻豆排水長期以來造成的淹水問題已讓地方百姓十分困擾，此次共約9億元的治理計畫，希望明(102)年底完工後，就能改善麻豆排水約80%的淹水問題，讓大台南曾文區民眾能免除水患之苦，進而帶動地方繁榮。

市府水利局長李孟諺表示，針對麻豆排水急迫需治理地區，市府提出計畫向水利署爭取經費，目前均已獲得中央同意編列，包括水利署已編列1.6億元經費，整治麻豆排水與將軍溪匯流口至嘉南大圳學甲分線區段(整治長度約1,330m)，後續預計再增列2.8億元，整治長度約2,330m，整治範圍預計為嘉南大圳學甲分線至文瑞橋上游500m處區段。

此外，麻豆排水支流─埤頭排水，易受到麻豆排水迴水之影響，導致豪大雨時易造成兩岸溢淹情形，為改善淹水及護岸老舊情形，目前水利署也已編列5,000萬元經費進行整治(整治長度440m)，後續預計也將再增列7,000萬元經費，再整治約600m長度，以延長此排水路保護區段。

除了中央預算外，市府也將接續水利署整治工程，延長麻豆排水兩岸保護至總爺排水上游大溪橋區段，預計編列1.3億應急工程(整治長度約3,640m)；針對埤頭排水部份，市府也將接續水利署整治工程，預計編列1.0億元應急工程經費，延長埤頭排水兩岸保護至縣176之五號橋，整治長度約2,750m，以降低埤頭排水兩岸溢淹情形並改善老舊護岸。

市府水利局也說明，上述工程施作完成後，預計可保護大灣、營後、營頂、港尾、姓陳寮、謝榜寮、海埔、客寮、北路客、西平寮、東平寮及勢角仔等12個社區聚落，並可改善麻豆排水兩岸淹水面積達64％及埤頭排水兩岸淹水面積達80％。