空壓機冷卻器長時間使用後，冷卻器水中的鈣、鎂等重碳酸鹽類物質會在其中形成水垢，水垢會影響冷卻器正常的傳熱，使空壓機進、排氣溫度升高，空氣不能被冷卻到預定的溫度，直接影響到生產成本，甚至影響到安全運行。所以，根據具體情況應制訂出定期清洗水垢的計劃。
清洗水垢的辦法有兩種：一是機械方法，也就是物理清除法；另一種是化學法。
機械方法用鐵絲刷或用鐵絲扎布條在管內來回地拖動，把管內的水垢消除掉。
化學方法，就是根據水垢一般為鹼性物質的特點，用稀鹽酸把水垢溶解掉。但是酸的含量不能太高，否則會腐蝕金屬。具體清洗方法是：先製作稀鹽酸溶液，將5 － 10KG 鹽酸加入100KG 水中，稀鹽酸槽放在冷卻器最底部，底部接一個皮管到小水泵，水泵與清洗的冷卻器通道構成迴路循環。水泵開動後用稀鹽酸溶液進行循環清洗，一般清洗6 小時左右。若是冬季清洗，可把溶液加熱到70 － 80 度，以加快清洗速度，提高清洗效果。稀鹽酸溶液清洗後，排除液體，然後用清水沖洗。為了防止酸性腐蝕，可再用5% 的蘇打溶液循環清洗10 分鐘，最後用清水沖洗乾淨。