一公升的眼淚是由木籐亞也的日記以及她母親的手記改編而成，據說只有男主角麻生是編造的，因為作者的媽媽想為沒有經歷過戀愛的女兒彌補缺失。故事記述了亞也從十五歲患上不治之症「小腦萎縮症」(Spinocerebellar Ataxia、SCA)，至二十五歲悴然去世的經過。患上「小腦萎縮症」的患者會逐漸失去步行的能力，走路變得很吃力，像企鵝般，及至最後會癱瘓，只能以輪椅代步；說話會逐漸模糊不清，最後不能成言；吞嚥變得困難，進食時很容易便會嗆到；肌肉會變得不協調，從前輕而易舉的事如打電話，寫字也不能做到；最悲哀的是，病人有普通人的思考力，有清楚的意識。

　　本來，亞也有著絢爛的人生，剛考進名校；是體育健將，加入了籃球隊；心儀的對象也提出了約會。但是，因為得病，通通都要被迫放棄了，做甚麼也要依賴別人，無論怎樣努力複健，也好像不能使身體變好，甚至開始懷疑自己活在世上究竟為了什麼。總覺得虧欠別人很多，總是對著別人說「不好意思」，父親為了治好自己的病，身兼數職，甚至求別人去賣自己的豆腐；母親為了照顧自己，想辭去喜歡的工作，在家長會求別的家長讓自己繼續讀下去；家裡環境不好，加上自己的病，讓弟妹一直只能用舊的物品；每天都要麻煩同學接自己上課下課，在校園裡活動；雖然彼此喜歡，但不想擔 誤麻生的前途，毅然提出「不再見面」的要求。如果在這個讓人絕望的病症纏繞下，你(我)會怎樣面對殘酷的人生？

　　亞也妹妹阿湖責備弟弟說︰「亞也姐不是很了不起嗎？亞也姐每天都努力複健，那麼的開朗，如果我得了像亞也姐那樣的病，不可能像她那樣有勇氣外出，要接受身邊的人異樣的目光，我不可能還露出那樣的笑容，我第一次真的覺得亞也姐很了不起，有什麼覺得丟人？」，很感動！

　　原來能自由走動，能健康地生活，能隨心所欲的做著自己喜歡的事情，已是很大的褔氣。

　　亞也︰「人不該活在過去 只要做現在所能及的事情就好了」
　　「跌倒又有什麼關係，還可以再站起來，跌倒後，可以順便仰望一下天空藍藍的天，今天也在無限延伸朝著對我微笑，我是活著的」

所以在家人，以及喜歡的男生麻生遙斗(錦戶亮飾)的支持下，亞也下定決心努力無悔地度過每一天，不給自己的青春留下一絲遺憾。

　　 另外，本劇的目的並不是讓觀眾一起哭泣流下眼淚，而是希望通過亞也，讓觀眾從中得到勇氣，努力生存下去，學會珍惜生命。