這回故事的舞臺是「鬼之國」，當地出現傳說中的邪惡魔物；鳴人完成二年半的修行之後，回到木葉忍者村，持續追查組織「曉」的恐怖計畫。而鳴人和夥伴受託的任務是保護鬼之國巫女「紫苑」，避免她受到魔物的侵害。紫苑的特殊能力是封印魔物和預言死亡，因此才無法逃脫被追殺的夢魘。然而卻在途中遇到幽靈軍團的攻擊，一群不死之身的傀儡兵，讓鳴人一行人陷入苦戰……

誰也無法想到的是，紫苑竟對鳴人做出死亡預告：鳴人必須立刻離開紫苑，否則只有死亡一途。好不容易來到鬼之國，才知道原來曾經差點毀滅世界的魔物，現在藉由不知名力量復活了！然而世上只有紫苑一人能夠封印魔物，若是失去紫苑，世界必定踏上滅亡之路。

在個人存亡和忍者榮譽中的擺盪，鳴人決定留下來保護紫苑，挑戰從來不曾失效的「死亡預言」。面對忍者五國即將毀滅的危機，鳴人和木葉忍者村全力出動！