偶然碰見一位「異世界的少年」。並且在命運的安排下得到了「魔法之力」....
因為相遇而碰巧得到的魔法之力，讓奈乃葉不得不找尋散落在這世界上的異世界遺產「寶石種子」，並將予以回收.....................

異世界少年變成一隻小動物在其身邊幫忙，並教導奈葉將本人的意識具體化，變成魔法杖、魔法衣，以兩人的力量回收這些寶石種子；因為擁有它的人會因而夢想成真，但卻會引發出各種危險的副作用，為了守護附近居家和平，他們於是秘密進行回收工作。和異世界少年的溫暖友情牽絆。然後，出現的各種各樣的人們因為寶石種子而變成多種妖魔型態戰鬥。深夜、早晨、放學後的休息時間，都得過著秘密般的魔法少女生活...........。

身為小學生三年級生的『她』和朋友與家人的時間。就這樣持續生活下去的奈葉，眼前卻出現「與奈葉擁有相同魔力的敵對魔法少女」和「觀察著她們兩人戰鬥的第三勢力」，這下子讓奈葉的平穩生活開始出現危機了！「只要是能做到的，我一定加油到底…。之後也不會後悔。高町奈葉，小學三年級生。即使沒什麼運動神經，卻憑著一股不服輸的精神，以那智慧和魔法少女奈葉，開始戰鬥！