這個問題總共有三個子題可以討論
第一個：公投辦理應以誰意見為準？
公民投票法第三條：「全國性公民投票之主管機關為行政院；地方性公民投票之主管機關為直轄市政府、縣（市）政府。」，公民投票法第二十四條：「中央選舉委員會應於公民投票案公告成立後一個月起至六個月內舉行公民投票，並得與全國性之選舉同日舉行。」

由條文可以可以明顯看出，行政院為公投的主管機關，中選會僅為執行公投的執行機關而已，有關公投的辦理，理當以行政院的意見為是。

第二個：公民投票與總統大選的合流？

不過第一個問題遇到總統大選合辦，似乎就會產生變化，中選會乃係辦理選務而獨立行使職權，公投僅為公投法所另外賦予的舉辦權力，因此公投的舉辦若牽涉到總統大選選務時，自然應該要退讓，而尊重中選會的意見。

第三個：我要投幾張票？

這個問題雖已告落幕，可是相關法律見解仍有待釐清，選舉權乃憲法所賦予人民之基本權利，而投票在我國乃採權利說而非義務說，也就是投票乃是權利而非義務，否則我們這些異地學子早就被罰N次錢了。因此自然可以只領公投票或只領總統票或只領一部分公投票的權利。

不過這就會牽涉到選務的問題了，因為有人主張是否蓋公投領票戳記很重要，因此這些就會關係到如果沒有蓋公投戳記時，會有再回到投票所一次投票的可能性存在，因此關係到影響總統選舉的舉辦，因此這一部分乃由中選會決定方式，乃屬合理。