此戰役後，守第一線的二零一師回台灣整補，而胡璉之第十二兵團則於12月1日奉命就地改為金門防衛司令部。湯恩伯代理總司令及李良榮兵團司令奉命赴台灣。第十八軍軍長高魁元一直做到陸軍總司令、參謀總長、國防部長。      國軍指揮官爭論     

由於古寧頭戰役前夕國軍更動金門地區最高指揮官，由胡璉出任兵團司令官及福建省主席，接管金門防務。古寧頭戰役開打後第三天，胡璉始抵達金門履新，因此後來發生了金門保衛戰指揮官為誰的爭論。主要的爭論焦點在湯恩伯與胡璉，此外也有認為係第十八軍長高魁元或第二十二兵團司令李良榮實際指揮者。

此外傳言湯恩伯聘請前日軍將領根本博（化名為林保源）為顧問，一說他建議國軍後撤讓共軍上岸，然後破壞船隻阻止增援，從而加以圍殲。但黃仁宇的回憶錄里提到湯恩伯雇傭日本人的計劃未能實現。