共軍迅速奪取了閩北、閩南各城，但缺乏海戰經驗，且無海、空軍掩護作戰。

1949年6月以前，國軍根本未在金門島上設防。到6月中旬，國軍廈門要塞司令部才成立金門要塞總台，這時才開始在島上構築工事，鋪設通信線路。

8月起，隨著福建戰事發展，國軍開始增強金門防禦。首先8月初國軍第二十二兵團率部進駐金門，其中兵團部、第二十五軍軍部及第四十五師守大金門，第五軍軍部和第二〇〇師守小金門，第四十師守大嶝島。

9月3日，國軍青年軍第八十軍之第二〇一師師部及第六〇一、六〇二團（第六〇三團調往福建馬尾）、戰車第三團之第一營（欠第二連）擔任金門防務。其中第二〇一師兩團由師長鄭果指揮，在台灣由孫立人訓練後，擔任金西第一線的防務，雖然只有兩個團，其員額裝備較第二十二兵團部隊整齊。九月中旬第五軍（欠第一六六師）歸還第二十二兵團建制，擔任小金門防務。

中華民國方面，東南軍政長官陳誠見漳州已失，金門守軍戰力不足，乃派副長官羅卓英銜命親往汕頭，洽胡璉第十二兵團接替第二十二兵團防守金門。胡兵團原屬廣州方面作戰序列，而十二兵團在國防部補給名單上僅二個軍，但兵團實有三個軍，遂以未列名之一個軍調往金門，10月10日、14日第十八軍（軍長高魁元）兩個師（第十一師、第一一八師）、（欠第四十三師）及兵團部由潮汕轉移增防金門。在第十二兵團全部尚未到達接替防務之前，暫歸第二十二兵團李良榮司令指揮。10月19日，第十九軍劉雲瀚部（下轄第十三師、第十四師、第十八師）奉公署命改駛金門22日晚抵達金門，因接駁效率不彰，直到24日晚才將部隊一半接運上岸。

三野渡江以來，未遭遇國軍大反抗，未注意渡海作戰種種隱憂，如搭載船隻不足；另外情報不靈，在大、小嶝島戰役，業已發現被俘國軍中，已有胡璉兵團第十八軍主力第十一師俘虜，但主事者仍認為守軍要逃，反懷疑供詞不可靠，當時肖鋒親審俘虜，向兵團報告，葉飛說：「不可能吧。胡璉兵團還在潮、汕地區未動。」。葉飛對肖鋒說：「看來大陸再也不會有什麼大仗打了，你們二十八軍就掃個尾吧。」^[2]。共軍進攻部隊為第十兵團下之二十八軍，共三個團九千餘人。

10月15日共軍佔領廣州，發起廈門戰役，擊敗廈門國軍，10月17日廈門國軍棄守，10月24日，胡璉兵團已在金門海面停留了一晝夜，成功欺騙共軍^[3]，25日凌晨1點30分共軍開始登陸金門。