第二大願。願我來世。得菩提時。身如琉璃。內外明徹。淨無瑕穢。光明廣大。功德巍巍。身善安住。焰網莊嚴。過於日月。幽冥眾生。悉蒙開曉。隨意所趣。作諸事業。

　　以此大願，顯見報身之殊勝。復以熾盛琉璃光色覺悟眾生。幽冥眾生尚且得蒙開曉，況復其他。而欲作事業，必先發心，否則終不得行。是故如來先以光明加持，開悟其心。

 　　再者，如來開悟眾生之心之後，是令眾生「隨意所趣，作諸事業」，而非教令做何事業。既蒙開曉，當知自立，隨所因緣、發願而作諸事業。若能發願起行，非但藥師佛，十方一切諸佛諸大菩薩及其眷屬，亦當隨喜贊助。

 　　又，既是學佛，當學佛發心及其行願。人有善願，即使僅僅一念之善，亦當歡喜讚嘆，助其成就。若忌妒害善，不僅不與藥師法門相應，亦不善為佛弟子。

 　　於《藥師琉璃光七佛本願功德經》中，與此一大願相近者，有無憂最勝吉祥如來第二大願：「願我來世。得菩提時。若有眾生。造諸惡業。生在無間黑闇之處。大地獄中。受諸苦惱。由彼前身。聞我名字。我於爾時。身出光明。照受苦者。由是力故。彼見光時。所有業障。悉皆消滅。解脫眾苦。生人天中。隨意受樂。乃至菩提。」