由高處往下看，遺跡的四周圍有市街、農地，最大的一處遺跡全長一百公尺、高二十五公尺，由巨大的岩石所築成。據琉球大學「海底考古調查隊」以電腦合成方式繪製的立體圖顯示，該遺跡可能是古文明居民聚會祭拜的神廟。神殿北面有二個半圓形的柱穴，考古學家認為是舉行儀式前沐浴之處，而神殿東方有拱形城門，城門附近有兩塊重疊巨石，上方留有長方形人工雕孔，據推測應為經過加工而成的城堡的基石。
 　　此外也在與那國島東南海岸著名的「立神巖」下方海底，發現高達數公尺的人頭雕像，其五官及臉孔清晰可辨。稍後就在巨大人頭雕像的附近，又發現了象形文字群，顯示海底遺跡的建造者已具有極高的文明發展。
 　　琉球大學物質地球科學系教授木村政昭在一九九九年九月接受訪問時，表示遺跡以目測即可清楚的辨識是由人工完成的組合。各種證據都顯示遺跡的確是人造的，包含四周街道的分佈，以及階梯呈直角狀的平坦接面，石塊上圓形的孔穴極似以石柱插入後遺留的痕跡等。而人頭像及象形文字的發現，更證實與那國島南方的海底遺跡，確實是人類文明的遺址。
 　　匪夷所思的海底金字塔除了與那國島南部之外，在與那國島最西端的西崎海域也有重大的發現。一九九○年潛水人員在西崎海域海底，發現了一個以岩石堆砌的龐大金字塔。這個金字塔型結構寬一八三公尺、高二七？四三公尺，由長方形的巨石構成，總共有五層。而大金字塔附近還發現幾座小的石墩，形狀類似於大金字塔，是由石板拼成階梯狀的袖珍金字塔，寬約十公尺、高二公尺。