同志婚姻合法化問題近來引起社會紛擾，樹德科技大學人類性學研究所長林燕卿認為，同志族群早就存在，他們的權益也該被保障，不過東方社會保守，反對聲音亦不容忽視，因此修法或可參照其他國家分別階段推進，避免演成流血、仇恨、對立。

「我們太自信台灣可以一步到位，忽略傳統的價值觀是根深蒂固的」，林燕卿說，站在性學研究的立場，她支持同志婚姻合法，但要走到這一步必須要講究「方法」，畢竟有些人還沒有準備好。

她說，同志早就存在，金賽博士時期推估約3％到4％，現在約10％到15％。生命科學界認為，同志是源於先天的基因使然，雖屬少數，但仍應該認同他們的存在。社會之所以普遍「反同」，除了牴觸宗教信仰、家庭制度外，主要是擔憂影響傳宗接代，造成人口滅絕。但少子化的成因很多，「不生孩子，絕不會是同志們的問題」。

有「反同」人士認為，同志家庭會影響孩子對性別角色的學習，未來也變成「同志」，但林燕卿表示，國外研究追蹤10多年，異性戀家庭與同性戀家庭養出的孩子，並無差異。

不過台灣目前對於同志婚姻入法問題吵得劍拔弩張，林燕卿擔心一旦社會演成對立的氛圍，即會失去「包容」，無法平和看待問題，因此主張各退一步。建議政府不妨比照荷蘭、芬蘭等國家分階段推進，不必「一次到位」，折衷的方法是在民法親屬篇另立章節，執行上如果沒有疑義，再進一步推展。