謎般的命運
皇后的下落到底如何呢？長久以來，研究人員相信納芙蒂蒂因為失寵而被阿肯那頓逐出王室。或許這是因為她無法生育男性子嗣的緣故嗎？另外也有學說認為法老王夫婦兩人遭到人民叛變而被推翻，因為人民將阿頓神信仰視為異端邪說。的確，圖坦卡門於1333年繼承王位後，任何喚起阿肯那頓與納芙蒂蒂記憶的事物都遭到有系統的抹滅。 直到今天為止，在阿克特阿頓的陵墓裡，只發現了與阿肯那頓有關的喪葬物品，這顯示了納芙蒂蒂從未下葬於該地。皇后的官方死亡紀錄也不可考。

在阿肯那頓之後，納芙蒂蒂是否繼位為王？
雖然阿肯那頓與妾奇雅育有一子—即是圖坦卡門—但他任命的繼位者卻是斯孟克卡拉。這名攝政王的真實身分至今依然不明。在埃及學界中，有些學者認為他是阿肯那頓與奇雅所生的另一名子嗣。有些人則認為斯孟克卡拉是阿肯那頓的異母兄弟，或者是其他皇室成員。

斯孟克卡拉與納芙蒂蒂都冠有相同名號（納芙納芙魯阿頓），導致某些學者相信納芙蒂蒂在公元前1336年阿肯那頓崩殂後掌權繼位。 然而令一方面卻也有證據顯示納芙蒂蒂於其夫君在位第14年時過世，當時埃及正遭受瘟疫的肆虐。

納芙蒂蒂突然的銷聲匿跡是否註定會永遠成謎？或許吧，但被英國考古團隊認定為這位艷后木乃伊的無名遺骸，卻也可能為我們揭開一些秘辛。