海協會長陳雲林11月3號率領海協會協商代表團，到台灣和台灣海基會協商簽署海運直航、空運直航、郵政合作，以及食品安全衛生等四項協議，可說是兩岸關係發展的重要里程碑。陳雲林另一個受到外界注目的行程，是在11月6號上午和總統馬英九會面。兩人會面雖然只有短短不到10分鐘，但是事前卻有極為曲折的協調過程，甚至在見面前一天，這場會面都還有可能破局，最後能夠見面，幕後有非常複雜且有趣的過程，足以顯示當前兩岸關係的複雜。

　馬英九總統要怎麼和陳雲林會長見面，兩人見面時陳雲林要怎麼稱呼馬英九，由於牽涉極為複雜敏感的兩岸關係互動。總統府原本規劃兩人於11月6號下午四點半，在總統府所有，外交部負責管理，專門用來接待外賓的「台北賓館」會面，不過受到11月5號深夜，綠營民眾包圍國民黨主席吳伯雄宴請陳雲林的會場「晶華酒店」，和警方發生激烈衝突，導致陳雲林和其他賓客受困長達八小時事件的影響，馬英九在透過海基會協調，並取得海協會同意後，在6號凌晨一點拍板決定，把會面時間提前到上午十一點。馬英九表示，提前會面是因為不希望會面影響到社會治安，尤其是台北賓館的周邊有很多間學校，為了避免影響學生放學，因此決定提前會面時間。臨時提前會面的決定，讓民進黨計畫「圍城」的計畫措手不及，也降低了綠營抗爭的規模。

　至於馬英九和陳雲林會面只有短短不到十分鐘，而且只有馬英九發表簡短的講話，大出所有人意外。不具名的總統府官員表示，馬英九是以總統的身分「慰勉」兩會人員，總統府一開始發給媒體記者的馬英九行程是「接見兩會協商人員」，隻字未提「陳雲林」。馬英九和陳雲林見面時，馬英九稱陳雲林「陳會長」或「陳先生」自無問題，但是陳雲林要怎麼稱呼馬英九，雙方卻一直沒有達成共識。馬英九堅持他是以「總統」的身分「接見」兩會協商代表，地點是在總統府所屬的台北賓館，接見節目是由「總統府官員」安排，雖然馬英九也理解，要大陸人士親口稱呼台灣政府的官銜，確實是強人所難，但如果連在台灣都沒辦法「正面表列」馬英九「總統」的身分，馬英九和陳雲林「不如不見」，由於雙方一直無法對此達成共識，直到11月5號傍晚，這場會面都還有破局的可能。

　經過海基海協兩會的一再協調，終於敲定最後的見面方式：海基海協兩會協商代表，在江丙坤董事長和陳雲林會長的率領下，先後進入會面地點，台北賓館的西廂房就坐，等雙方人員坐定後，再由司儀宣佈「總統蒞臨」，馬英九才步入會場，和陳雲林會長握手寒喧，雙方合影留念，然後由馬英九發表大約三分鐘的簡短講話，兩人再互贈禮物，結束了這場舉世矚目的會面。

　在會面過程中，陳雲林會長並沒有稱呼馬英九「總統」，兩人幾度交談都以「您」稱呼馬英九；馬英九在海基海協兩會代表就坐後才進場，又有司儀高喊「總統蒞臨」，以「總統的高度」同時接見海基會與海協會代表，同時全程開放媒體採訪的方式，迴避「馬陳會」可能帶來的高度政治聯想；陳雲林會長和海協會協商代表則保持客人的風度，對司儀那句「總統蒞臨」不作反應，總統府官員認為，這也是某種程度的「互不否認」，對兩岸關係的發展，是非常正面的作法。

　馬英九和陳雲林的會面，雖然只有短短的十分鐘，但是過程中的每一步，在海基海協兩會的密集協調下，都經過精確的算計，兩人還差點見不了面，這恐怕是外界很難想像的。