五天前，邱義仁還聲稱不會矯情辭職，昨天下午在行政院長張俊雄同意下，舉行記者會宣布請辭候查。談到為何突然請辭，邱義仁表示，他前天已從「證人」變成「被告」，又遭限制出境，他認為自己應請辭。  

在邱義仁記者會後半小時，黃志芳也舉行記者會指出，巴紐案對國家形象造成嚴重傷害，他身為外長「深感自責」，黃志芳眼眶含淚向國人鞠躬致歉。  

他說，案發第一時間就應該主動辭職以負起政治責任，但他認為應該在最快時間內，向檢方把案情交代清楚，所以等到昨天。  

下午五時四十分，黃志芳與夫人和兒子於外交部大門，與外交部主管及同仁辭別。準新聞局長史亞平也在場，與部長夫人淚眼相互擁抱，還有同仁高喊「部長加油」。  

國防部則在傍晚七點發出柯承亨請辭獲准的聲明，聲明中指出，柯承亨雖多次表達未直接參與「台巴建交案」，但對檢方搜索他位於國防部的辦公室，造成國防部形象受損，深感自責。  

聲明表示，副部長柯承亨是昨天下午三時提出書面辭呈。柯承亨本人從頭到尾都未露面。 

檢察官一行上午八點持搜索票到國防部時，相關官員驚覺茲事體大，不敢第一時間放檢察官進入，蔡明憲部長指示「依法配合」，才放檢察官入內，並帶走數份書面資料。