推古天皇二九年（西元六一七年），在近（滋賀縣）的蒲川被漁夫捕獲，江戶時代也發生過，尤其是寬政十二年（西元一千八百年），在大阪西堀附近河川釣起的人魚，多數人看過後告成轟動。這個人魚，身高一公尺多，發出嬰兒似的哭聲。從這件事來考慮，人魚也是傳說中的幻獸，可算是相當神秘的魚族，當時稱為鯪魚或發魚。就這點而言，日本人的人魚和西洋傳說中的人魚妖精，無論在形狀上和性質上都迥然不同。其姿態，不見得很美形，不如說是奇形怪狀較多。出現於若狹灣、九州、四國近海，專挑暴風雨迫近時於海邊現形。
十三世紀的《古今著聞集》裏頭，寫道“頭部像猿猴，有著像魚一樣細細的牙齒”怎麼看都覺得像是怪獸。前面提到過的《諸國裏人談》記載著“有著人類的頭，胸前有著如雞冠一樣紅色的肉褶，下半身是魚的形狀。《古今奇談莠句冊》另有“頭部有像人臉一般，眉毛眼睛俱全，皮膚很白，頭髮是紅色的，紅鰭之間有手，並且指間有蹼，下半身為魚形”這樣詳盡而驚人的記載。
此外，在江戶時代末期，西洋的人魚像輸入日本，研究荷蘭的學者大槻玄澤所寫的《六物新志》（1786年）附了人魚的圖片，上半人是人類的模樣，長得如美麗的婦人之姿，下半身是魚的形狀，覆有鱗片和魚尾，人魚在一般人心目中的形象終於在此確立，這本書中也記載了人魚骨，可以入藥是貴重的珍品。還有傳出有人發現人魚木乃伊，足見當時的人們已經相信人魚是實存的動物。
到了明治時期，身兼植物學與民俗學者的南方熊楠，將“儒艮”以及“海牛”等海洋動物的生態陸續寫成了專著發表，因此普遍認為人魚就是從這些海洋動物為基模幻想出來的動物，但是沖繩地方的人們依然相信人魚真的存在，也有人不敢捕捉“儒艮”，以食用“儒艮”的肉為禁忌，因為他們崇拜人魚，若食用人魚的肉，恐會招來噩運。
日本人對於人魚形象的確立，大約是在江戶時代從西方傳來的。主要是依據安徒生童話著名的“人魚公主”故事中的描述，使後人對於人魚的長相有了明確的印象。在此之前，人魚並沒有明確的記載究竟長得什麼模樣？以前的人，就算是親眼目睹過人魚的出現，也只是口耳相傳，繪聲繪影地描述，少有文字具體地形容。大致來說，人們相信人魚是住在海裏的一種半人半魚的傳說生物，但是沒有人能斷定究竟看到了什麼，因此與其說人魚，長得像童話中描述那麽漂亮，還不如說是把它當作妖怪來看待。
那麽出現在文獻記載上的人魚，到底長得是什麼模樣呢？七世紀完成的《日本書記》裏，寫著“人間のような異形のもの”（像人一樣的異形之物）、“人間でも魚でもないもの”（既非人也非魚）。《山海經：海內南經》：“伯慮國、離耳國、雕題國、北朐國，皆郁水南。注：離耳，鎪離其耳分令下垂以為飾，即儋耳也，在朱崖海渚中；雕題，黥涅其面，畫體為鱗采，即鮫人也。”，其中的鮫人外表是人頭魚身，長著四隻腳的魚，後來傳到了日本，成為人魚最原始的形象。山海經裏還有些描述看起來像是形容山椒魚、大鯢（娃娃魚）、鰻魚、鯰魚之類的水中生物，長得像人形，全身披覆著鱗片，感覺上比較接近怪獸的模樣。
江戶時代，人魚骨可以入藥，但更早以前，人們相信吃了人魚肉會長生不老。根據《古今著聞集》中記載，人魚肉味美且可食用。然而，在若挾國(今福井縣)流傳著很有名的八百比丘尼傳說，據說她吃了人魚肉而活到八百歲，此外，在小濱市青井的神明神社，也有自德川幕府時代就開始供奉的八百比丘尼像。日本的民間傳說裏，還有一種類似人魚的妖怪，叫做“磯姬”。她的下半身是魚形，很像人魚，但臉部卻有很大的不同。口裂開至耳朵，有尖銳的牙，而且頭上長著二支像鹿角的東西，是相當可怕的海妖。藏匿在狂風巨浪的海岸邊，一有人靠近，就乘浪襲擊，將人的身體從頭開始扭轉。磯姬是身長約二十至三十公尺多的妖怪，所以一旦被她狙擊後，無論是多麼有力道的男人都招架不住。
據說在若挾的小濱住著一位叫高橋的男子。某天他補到一條人魚而且把人魚吃掉了。傳說中的這部分有許多不同的說法，也有人說是高橋是在山上或海上迷路誤闖異界，回家時帶回人魚肉。雖然覺得既然帶回來了就嘗嘗看吧，不過大家覺得噁心都不敢吃，只有好奇心重的女兒吃了人魚肉。於是，她青春永駐活了好幾百年，最後有感于世事無常，出家為尼在各國旅行。據說她晚年回到故鄉若挾，住在草庵裏，此時已活了八百歲，最後在後瀨山的洞穴絕食而亡。

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