坊之宮美希安靜的在離村落有點距離的山上製作著和紙（日本所生產的紙，質地堅韌壽命長），一陣突然的風忽然將其正在曝曬的和紙都吹倒。回到屋中不久，其兄隆直的太太園子來訪，抱怨著丈夫做生意一直賠錢以及藉著祭典的名義跟女人走很近。隆直的出現讓園子的聲音變的嬌羞而依賴，穿著盔甲的他走到一旁坐下，將右手手指朝上，園子邊怪罪般的撒嬌邊坐了上去。

一個名為奴田原晃的年輕人在往尾峰村的路上車因為沒油而停了下來，他巧遇開車經過的土居誠二，後者便載著他往村子走。下了車，兩人經過坊之宮本家的宮廟時晃跟隆直的眼神相遇，隆直的眼神並不和善。又往山上走了一小段，晃忽然頭暈倒了下去。

晃醒來時美希正看著他，誠二認為晃應該是太累了才會暈倒，順便介紹美希給晃認識。誠二說美希已經一把年紀了還要製作和紙，晃則認為美希仍然貌美。

晚上吃飯後，姪女理香告訴美希自己在祭典後將會離開村莊去城市找出路，她再也受不了村莊以男人為中心的習俗，對於追求者的誠二她則認為對方太懦弱。進入睡眠，美希夢見自己在生產，護士在一旁喊叫，一轉眼她又在自己的製紙坊，一個嬰兒從她眼前的山藥水中緩浮而出。驚醒，她習慣性的要帶上眼鏡，卻發現自己的老花眼已經好了。大宅一角傳來老婦人算數的低喃，母親富枝不在房中，進入神壇，門口的掛簾墜下，老婦則從陰暗的一隅步出。富枝說自己睡不著，跟女兒一樣都做了惡夢，正在數榻榻米的數量。睡吧，老婦說，吹熄了蠟燭，濃濃的黑回到了這個家，天上的月亮也被烏雲遮住了一半。

白天，送報小姐耽擱了，家裡的公雞鳴了一夜讓她睡不着覺。鏡頭下，美希的白髮全成了黑髮。美希家中的弟媳輩百代也做了自己的身體被村中的男人剖開在考慮要在五臟六腑的哪裡蓋設停車場的計畫。離開家中，美希到診所幫母親拿藥，診所一個獵人味元正在跟其他人說自己已經殺了９９９次生，第一千次要在神的報夢下為村莊而殺。診所的人聽聞了美希要幫母親拿藥後進去微聲的討論了一下便要美希稍等一下。

誠二拿著美希的紙到學校給晃，晃非常的會寫毛筆字因此被學校任命要以書法裝飾學校。誠二離開後，拿著自製便當到相當大片的蓮花池中跟理香兩人一起吃便當，理香說自己作了一個誠二車禍受傷的夢。寫完毛筆字的晃離開學校來到美希的工坊，聊到了美希從未離開過村莊，和紙的技術則是因為沒有人願意學所以只好自己來，但後期製作跟銷售的部份仍然要靠誠二的工廠。小小的木房中孤單的兩人間彌漫著一種微觸電的吸引。



誠二的祖母，也就是本家（坊之宮則屬分家）的大長老奶奶克子找了誠二去說話，質問他是否四處說美希是自己的母親，誠二否認。克子說美希家的女性代代繼承狗神，美希以後會有報應，要誠二別靠近她。克子同意讓誠二娶理香，但命令誠二不准再靠近美希。

隔壁的夫妻為了拍照的事情在吵架，百代又開始抱怨村莊裡的事情都是男人說了算，可以用電腦但不能看電視，美希則說戰前沒有電器的時候最好。兩人話到一半富枝忽然出現，美希問她要不要吃飯她回答不要後又走了開。

一家子從東京來到尾峰自殺，隆直跟美希說味元認為可能是狗神所殺，”反正發生什麼壞事都推給狗神，坊之宮家遲早會被疏遠”隆直說。美希問隆直睡的好嗎，隆直回答從來沒好過。不遠處，園子正在叫小孩進車裡。

上山採植物以染布的美希遇到了晃，晃正在大石頭上畫圖。美希忽然感覺到什麼靠近，躲到了石頭下，晃跳了下來，沒看到什麼，美希則說可能是山狗。由於採摘的正是茜草，晃想到了關於額田王的短歌。採著採著，美希看見了還是學生的自己跟一個男學生往前面的路走去。驟雨忽下，美希跟晃，少女美希跟男學生一起進了大樹的樹幹中躲雨。看著空無一人的入口，美希說自己很久以前也曾為了躲雨進來這裡，而那正是一切痛苦的開始。被禁止的愛情讓美希懷了男方的孩子但被母親發現拆散了兩人，丟掉孩子繼續被男人擁抱能多美好啊！當年的高中生美希這樣想。由於被發現時孩子已經大到不能墮胎，富枝便帶著美希到醫院生產，可惜孩子死去，但隔壁病房的孩子卻健康的出世。話畢美希向晃用熱吻訴求了渴望，兩人用後背位開始結合，以正常位告終。



深夜醒來的美希忘不了兩人的肉體糾纏，貪戀的吻著自己的手回味性愛的美好。察覺到有動靜，美希來到神壇前，富枝蹲著在數數。富枝拿出一個壺，她說裡面裝著狗神，而美希繼承的時候也該到了。她要美希每天數狗神的數量，確定有沒有跑出去做壞事，最近似乎每天晚上都會走出去。美希說狗神根本只是迷信，富枝則要她往壺裡面看。第一次，她草看一眼就想走，但在富枝的堅持下，第二次，她看到了某種東西。她開始搖起壺甚至將手往裡面伸，富枝趕緊阻止她。家裡的其他人醒著聽美希的聲音，在深深的夜裡。

晃來到工坊找美希，兩人以後背位結合。性交後，兩人以布覆身，晃從背後抱著美希。學校即將開學，美希估計晃一個星期最多只能來找她一次，晃說自己每天都要來。木門忽然傳來陣陣敲擊，誠二繞著工坊四處拍打呼叫美希。倆躲在暗處，晃說每天都要找時間來跟美希上床，美希笑說身體哪受的了，晃則說美希越做就越年輕，怎麼不行？誠二放棄走掉，後山小岩丘上隆直正喝著酒。

園子拿著鐮刀要找欺負自家小孩的對方理論，美希在路上看見想阻止她，她說小孩被別人說有狗神血統每天被欺負一定要去討回公道。前方階梯忽然出現一個老婆婆搶了媳婦的衣服不肯還，家裡的年輕人拿著除魔棒（日本做法事時使用的法器）在老婆婆前面揮舞著，看到美希來趕緊要她將狗神接走。路上傳來撞擊聲，送報的小姐騎車摔倒在地渾身抽蓄，美希趕緊上前察看，附近的住民則唸著”是狗神殺的！”趕走了美希。美希帶著園子快步離去，送報小姐吐出了舌頭，一片深黑。

餐桌上，百代抱怨著庭院中充滿村民們所丟沾滿糞便的草鞋（當地驅除狗神習俗），全家只有美希吃飽睡好變漂亮，理香則頂撞媽媽幫美希講話。男人們講起附近的杉林將被全數砍伐以興建高爾夫球場，美希的工坊也將不復存在。土居家的長老克子決定了此事，隆直則代表坊之宮正在交涉此事。美希想出門跟本家的人對話，美希的哥哥道夫則說誠二一直要跟美希商量此事卻怎麼也找不到她。道夫說賣了也好，本家也不會再來跟他們囉唆，理香則氣憤說怎可用這種理由賣掉先人留下的土地。此時富枝走出坐在上位的椅子上，她說克子一向都是這樣，本家決定的事情分家不能有異議。



美希拿著手電筒悄悄的走入夜色中。誠二跟晃正在聊天，提到了谷神一事，晃說”谷神不死，是謂玄牝。玄牝之門，是謂天地根。綿綿若存，用之不勤”（出自道德經第六章），裡面所提到的谷神指的是母親，誠二則說母親若能不死那該有多好。美希闖入求見克子，誠二以祖母已睡為由回拒，兩人的爭執聲吵醒了克子。看見美希，克子罵她化了妝（其實是因為她變年輕了）是不是要來引誘她的孫子，指責美希是母狗。美希提到了杉林一事，克子說是隆直決定要賣她的。誠二出面企圖緩和局勢，克子說狗跟兄弟姐妹父母都能性交，而美希這隻母狗則跟自己的哥哥隆直睡過，還懷了她的孩子，她身體裡流的是狗的血。美希要克子住口，張大眼瞪著她，克子的身體從手指末端開始變黑，克子在三人面前吐血而亡。

部分村民因害怕開始遷出，一部分人認為應該暫停祭典，富枝則認為就因為是這樣的情況更應該辦祭典以安撫狗神。富枝要美希去參加克子的守夜。

由於跟美希的事情傳開，晃被迫離職，理香則認為晃不應該放美希獨自面對這件事情。晃來到美希的工坊，隆直正躺在地板上喝酒，他說自己小時候被送到本家當養子，根本不知道美希是自己的妹妹。他埋怨美希生下孩子讓兩人受罰，同時質疑起晃的來歷，所有的事情都從他來到村莊後才開始發生。晃說答案很簡單，他是美希的第二個男人，隆直大罵幾聲後離去。

來到喪禮的美希被土居家的男人擋在門口不讓她進入，最後是由誠二出面才讓她進去上了香。離開會場，隆直正在外面的車跟別的女人親熱，看到美希來便趕走了女人。隆直企圖染指美希，搶了她的車鑰匙後坐在地上學狗叫後撲倒了想奪鑰的美希，他說自己跟別的女人在一起其實都是為了引起美希的注意。美希假意順從，趁隙推倒隆直並用自己的提包攻擊他，怒斥他是個不負責任的男人後美希開車離去。

入夜，晃在工坊等著美希，數名村民闖入壓制了晃並對著他唸咒，同時將工坊破壞殆盡。天亮，晃跟美希在殘破的工坊中不發一語，晃開口要美希跟他走，美希沒有回答的離開。美希不住的走，晃拉住她要她回答，美希說她討厭這裏的人但喜歡這裡的空氣，她希望自己能跟鳥一樣展翅飛翔。晃抱著她，吻她，要美希跟她一起走。

家裡的人看到晃來要帶走美希略顯疑惑及反對，百代則要美希叫母親富枝來決定。美希聞言不斷後退，退到柱子旁，面對百代的咄咄逼人，美希只說母親一直都坐在哥哥旁邊，百代則說她沒看到。不遠處的餐桌椅上，富枝開始說起自己繼承了壺之後每天供奉食物，奇異的是食物總在隔天消失，於是週而復始。她說坊之宮的人都是壞人，出了事都怪她是狗神。晃看著餐桌椅的方向慢慢站了起來，說話者正是美希，她說坊之宮的女人為了供奉狗神而斷送了自己的人生。晃拉起美希要她清醒並打了她，美希生氣的推倒了他。男人們壓住晃，女人們將美希帶走。道夫說狗神的血統正是靈媒的血統，美希的母親早在一年前就已經亡故。

晃低頭走出坊之宮家的大門，獵人味元正在外頭抽著菸。他說富枝的靈魂是誠二跟美希見面後出現的，從此後美希就會去診所拿一年前死去的母親的藥。他還說富枝年輕時也痛恨守護狗神因此而跟男人私奔，逃了五天就被抓回來。晃問和她私奔的人是否被殺，味元回答正是他所殺。與此同時，跟兩個女人在一起的美希忽然從角落拿出狗神的壺開始數，數到九便停止。

透過網路，誠二用通訊軟體跟離開了一個月的晃取得聯繫，他說尾峰每晚的霧都很濃，大家都很不安，美希則被家人囚了起來。晃回答美希不能離開尾峰，誠二則說即便美希是自己的母親他都會將她帶走。晃問誠二有沒有聽過正倉院（位於日本古都奈良東大寺的寶庫，世界遺產之一）的和紙，儲存在唐櫃中一千零六十年都不會腐朽。對美希而言，尾峰正是她的唐櫃，如果他硬是要帶她走，也許她會因而腐爛也不一定。誠二說美希又不是一千零六十歲，此時的誠二忽然感受到屋裡有股神秘的力量。誠二接著說，下週將是祖祭，如果發生什麼事情他也沒辦法阻止。另外理香說美希已經懷孕了。此時螢幕上的對話視窗出現了大量亂碼，黑色的裂痕滿佈螢光幕上，大量的蛆從黑色的螢幕上掉了下來，誠二嚇的逃開。古老的時鐘不安的敲著。

園子大叫自己不是狗神血統，她殺死了跟隆直所生的孩子後傷了隆直逃進濃霧中。村民們分頭搜山，園子已上吊自盡，齒間露出濃黑色。幫園子淨身的百代悲嘆起自己的命運，村莊中的男人把女人當蟲子看，檢查出子宮有瘤後也不跟本人商量就要醫生把子宮拿掉。她們也是人不是蟲。

味元帶著村裡的長者及一個女人來拜訪隆直。女人是當地醫院的護士，她道出了美希當年生產時的秘辛：其實美希的孩子是健康的，但在富枝的要求下，護士將美希的孩子及隔壁病房婦人的死胎互換，而該女人的夫家姓氏正是奴田原。隆直聽到晃是自己的兒子並不吃驚，只顧喝著酒。此時護士則說美希懷了晃的孩子。村裡的男人認為狗神呼喚他前來，濃霧正是詛咒的証明。祭典歌的最後一段正是血與血交疊，祖先將甦醒。他們講到狗神的由來是怪物鵺之足所變，老人提議殺死美希後便離開。道夫則大喊不能讓他們殺掉美希，否則坊之宮家將沒有存在的意義。隆直則說反正大家都會死，沒關係。

誠二來到警局想找警察幫忙，警察則說男女關係跟信仰都與他們的職責無關。回到家在日曆上又加上了一個大Ｘ，他聽到外面有摩托車的引擎聲，晃回來了。他決心就算美希一千六十歲又是他的母親他都要將她奪回。晃將遺書交給了誠二，囑咐他有意外的話就將這封信交給他的父母。男人們正在斬雞頭喝雞血，晃以美希的未婚夫身分要求參加祭典，隆直將一個碟子給了他，看他喝下一碟雞血後同意讓他參加。

村民們穿著古代的衣裝（男人穿盔甲戴面具，女人則穿和服戴附面紗的帽子）由隆直帶頭前往祭壇，誠二想穿越結界進入卻被阻止。祭壇上美希正穿著巫女衣聽著祈禱，村民們則聚集在祭壇的前面喝遞過來的雞血。此時百代忽然吐血，也有村民叫著自己的孩子死掉了。群眾開始出現混亂，數人被殺死。晃帶著女人跟小孩撤退，將他們託付給趕到的誠二後又跑回祭壇。此時的隆直爬上祭壇邀美希一起死，美希忽然化身富枝要隆直想想是誰生下了他。美希被推落祭壇醒了過來看見村民的屍體，看見靠近的隆直美希大罵他想死還帶著女人來用手邊的壺往他的頭上砸。美希往前走去看到了晃，晃則看到了拿著刀靠近美希的隆直，晃隨手拿起鐮刀往前奔去，隆直大喊著自己是他的父親後被鐮刀刺進了額頭死亡。唯一倖存的女村民則燒了祭壇。



獵人味元在夢裡所說的地方等待著第一千隻獵物的到來，美希跟晃一起出現，一個透明的東西在空中飛了過去，味元開槍射中了晃。槍聲在濃霧中無限迴響，味元倒了下去。濃霧中，美希舔著晃的臉。晃醒來要美希騎著他的摩托車走，美希說會生下孩子並照顧之。扶著頭部中彈的晃，兩人在山中前行，大霧已然散去。蓮池旁的摩托車從有到無，天空從夜到日。誠二跟理香攜手拿著花慰拜亡靈後下山離去.....