上訴第二審之上訴理由分為下列三個不同層次，依序為︰
1.第一層次為審判程序違法（包括觀審員資格不符，選擇不合法，準備程序違法…等）︰因已動搖全部判決基礎，判決全部不可信，必須發回第一審重啟程序重新認定事實。
2.第二層次為觀審員與法官事實認定不同︰如事實認定不適用法令（如判決不依據證據、使用被排除或違法取得證據）或不當適用法令（如判決違背經驗法則或論理法則），瑕疵嚴重足以動搖全部判決基礎時，判決全部不可信，必須發回第一審重啟程序重新認定事實。但瑕疵不嚴重時，得由第二審法官補充認定，認定觀審員與法官何者可信（如5位觀審員認定事實不存在，3位法官認定事實存在，如第二審3位法官認定事實存在，則第一、二審法官共6位法官認定事實存在，高於5位觀審員之認定不存在，第二審判決結果為事實存在）。
3.第三層次提出新證據資料︰如審判程序完全合法、審判事實認定並無爭議或認定事實瑕疵不嚴重業經二審法官補充合法時，由訴訟當事人另提出審判中未提出之證據資料，經二審法官認定提出合法，發回第一審法院就未提出之證據資料重新進行審判。
上訴第三審之上訴，有二項︰第1項︰糾正第二審判決，第2項︰統一法令見解。

刑事證據法則分為供述證據及非供述證據二種，供述證據可分為被告、證人（或鑑定人）。供述證據特性是容易因人自身思想、記憶、感覺、道德、情感、知識、認知、利害關係及表達能力等複雜因素影響，而無法像非供述證據所具有不變的、客觀的呈現事實原來狀況，因此使用供述證據的證據方法時，為確保對於待證事實之證明力，需經嚴格證據調查程序方足以達到證明犯罪要求。

證人證言：
1.證人談的是他人之事物，不若被告自白供述是自已的事物，故原則上傳聞證據不得作為證據，而必須經由交互詰問程序來確保其供述證明力。
2.證人證言必須在法庭中經由「交互詰問」之調查方法，以確認證言真實性。審判庭內法官或觀審員從交互詰問中形成心證，並在交互詰問中對證人於審判外(警訊、檢察官偵訊…)陳述，亦就是傳聞證據進行檢驗，從而確定其多次證言中以何時所言為真。
3.證人無法到庭接受交互詰問時，應以對案情有特別重要、具關鍵及可信之價值，且在有其他旁證之情形下，始能提出於審判庭，採為證明被告犯罪之證據。

被告自白：
1.自白必須確保非以不正方法取得。故在準備程序中必須檢視其證據能力，如經被告抗辯並證實有不正取供情形，即應排除其證據能力，使其不得於審理庭中出現，使法官或觀審員心證不至於受影響，而形成錯誤判斷。
2.被告供述之證明不限於審判庭內所陳述，審判庭外陳述亦具效力，因被告所述係屬於自身之事物，事實真偽在被告無外在不正壓力下可對於其本身負責。
3.審判庭中必須依序先就非供述證據 、證人證言等調查後，才可對被告之自白進行調查。換言之，自白必須有其他補充證據，且於各種證據調查後始可提出。如果審判庭中只能提出被告自白，其證據證明力相對可能呈現相當薄弱情形(很難想像刑案發生竟然無任何自白以外之證據)。又被告自白必須有補充證據，係基於被告自白雖出於自由意志，但若與其他證據資料顯示之事實不符，被告亦有可能替人頂罪。
被告自白在準備程序中未被排除（即具有證據能力），被告自白自可作為證明犯罪證據，可以提出於審判庭。被告自白在審判庭調查方法係告以審判前所為供述之要旨，綜合非供述證據及證人證言等證據資料，然後由被告陳述最後意見。

首先應建立起訴審查制將檢察官蒐證不完全，顯然無理由之不成熟案件，自始不得進入法院審理，促使檢察單位確實盡到完全舉證責任，以保障人民不被國家機器不當侵害。另一方面得使進入法院之案件，得以有效遵守各種訴訟程序上應遵守之期限限制，以促使訴訟案件早日終結。

為使保持起訴審查制公正及正確立場，應不得為進入法院後負責審理之法官，而應由專責之法官作審查，以保持其客觀性(此組織或可作為羈押強制處分之審查單位)。

為確保公平正義實現，在原第一審無違背法令之下，檢察官如有新證據得提出於第二審，如經審理後無理由者(所提新證據與待證事實無關聯性、新證據已於原審經審酌過或已含括於原審辯論中或不具改變原審判決具有重要意義之新證據等等)得駁回之，將此不利益歸由檢察官承擔，以落實於第一審時必須完全舉證(但有上訴於第三審之理由時，得上訴於第三審-嚴格法律審)。若所提新證據有理由時，為保障被告訴訟權益應發回第一審重為審理。

第二審重為審理時，除第一審判決「違背法令」應全部廢棄發還第二審重新審理外，因新證據而發回第一審重為審理時，原第一審訴訟資料得延用，且得不重為準備程序，審理時有關第一審已提出之訴訟資料，以原第一審辯論要旨代之。
經第一審綜合全辯論意旨所作判決，與原第一審判決不同時，應敘明不同時之理由。

被告受不利益判決向第二審提出上訴，應以判決違背法令為之，但因被告原則上不自證己罪，亦即不負有舉證證明自已無罪義務之下(被告所提證明，不適用嚴格證據法則)，為保障其權益，法院應就「案件有疑利於被告」之法則審理，此所謂「有疑」者係指被告所提之反證，足以打擊檢察官所提證據之憑信性，降低其證明力而言，第二審審查原第一審如有違反應視為有「判決不載理由或理由矛盾」、「證據違背經驗法則及經驗法則」…等「違背法令」之情形，應發回第一審法院重新審理。

審理庭之審理程序
1.陳述起訴意旨：何人？做何事 (不做何事) ？犯何罪？如何處置？
2.不爭執事項及各自證據
3.爭點審理
爭點一
檢察官主張(事實與法律)及證據(非供述證據提示及供述證據之交付詰問)
被告(或辯護人)主張(事實與法律)及證據(非供述證據提示及供述證據之交付詰問)
爭點二
檢察官主張(事實與法律)及證據(非供述證據提示及供述證據之交付詰問)
被告(或辯護人)主張(事實與法律)及證據(非供述證據提示及供述證據之交付詰問)
爭點三
檢察官主張(事實與法律)及證據(非供述證據提示及供述證據之交付詰問)
被告(或辯護人)主張(事實與法律)及證據(非供述證據提示及供述證據之交付詰問)
4.結辯 (全辯論意旨)

爭點者，乃檢辯雙方之不同主張也者，透過證據資料，使裁判者確認何方所主張為真(或接近事實)。

將一件複雜事物，要理出一個真偽而呈現真相，必須善用分析方法，並對分析後之各種可能，利用試驗方法加以求證，最後將分析所呈現內容歸納出結論，是法院審理案件基本作法，亦為科學通常使用之方法。

檢察官所提出之證據必須是嚴格證明，其證明之程度必須是嚴謹到使待證事實存在無任何可懷疑之情形，或證明並不可能(或相當難)存在著有其他可能之事實發生。亦即有這樣證據必然（或至少接近）存在一個單獨而唯一事實，令他人無可舉出其他任何反證加以推翻之確信。
而被告之證明程度只要達到相當於「釋明」程度即可（因被告不自證已罪），而這個證明只要使一般人認知到有其他可能事實存在或發生可能(經驗法則或論理法則)，即任何人只要提出反證，證明檢察官所提證據不僅只有發生待證事實之惟一客觀可能，即可推翻其證明。

例：檢察官提出被告自白作為證據，而證據若無存在有取證不當(如刑求)之情形時，具有高度可能性。惟這樣證明經被告提出有刑求抗辯時(一般人通常會有這樣認知可能，如非有重大外力干涉或有鐵證呈現，豈有提出對自已相當不利或毀滅供述)，就足以推翻檢察官之證明。檢察官要使自白證據維持就必須再舉證無刑求之情形（如警訊後移送前即主動將被告帶至具公信力醫院檢驗，取得醫院證明，或採全程錄音、錄影或由律師陪同在旁等）。

我國法律採用是大陸法系，大陸法系與英美法系最大差別是英美法採不成文法，判決採用的是判決先例，強調法官造法，法律形成繫之自然法則，而大陸法系採成文法必須經嚴謹立法程序，強調依法判決，法律必須經解釋後加以適用，承認法官有部分造法權力。成文法有其優點與缺點，優點是被規範者有清楚明確之規範條文可供遵守具可預測性，但其缺點即是因此而缺乏彈性，無法隨環境現實而適時調整。
因英美法有如上特性，所以陪審制才能在英美等國家施行，因陪審員其實無須對法律(不成文法)有深入認識，只要針對其日常生活經驗及經驗所形成原理原則，即可作判斷，法官亦因不必受嚴謹法條拘束，而具有相當靈活性，所以陪審員就事實認定法官適用法律即可成立施行，但大陸法系因必須依法判決，在判決上深受法律限制，雖可依據判例審判，究屬少數，因此要將事實認定與法律適用分別歸屬於陪審團及法官，有其制度上困難。在大陸法系國家不論採用何種名稱(參審制、裁判員制或者觀審制)均只能將事實與法律綜合判斷適用。
不具有法律專業之人民在綜合認定事實及適用法律下，確有其事實上困難，故觀審制仍然著重在由法官主導判決，但人民對事物、生活環境或生活經驗上可以提供法官判決上客觀觀察，有補充法官在個案判決上切合國民生活認知及經驗，何嘗不是一種創舉，值得肯定。

自從司法院推出觀審制後，民間團體對此多所批評，其中認為觀審員只有表達意見權利，而無表決權利，而認為無法提升人民對於司法信賴。司法院賦予觀審員只有表達意見權利，而無表決權利，除係為避免違憲外，主要認為我國國情與他國不同，給予官審員有法官權利，但卻沒有法官責任(畢竟法官還是公務員，尤其法官法通過後，人民對於法官可請求評鑑)所擁有的是國民道德勇氣，如不慎重處之將適得其反。觀審員多數意見不為法官所採納要敘明理由否則有違背法令，被上級審撤銷危險，同時因敘明不採納多數意見，見諸於判決書，則可供社會公評，法官法施行後國人更可能透過評鑑對於法官之行止達到糾正作用。但是如何作才能達到該有成效，願借本網站提供本人一些觀點就教於社會，下列即是有觀審員情形下，法官如何進行評議程序(如果能提昇到「法」位階更好)，並作成記錄：
1.進行表決(不記名表決)。
2.觀審員分別表達有罪無罪意見。
3.受命法官或陪席法官對於觀審員之意見評價及本身意見(包括事實上及法律上意見)。
4. 審判長對於觀審員之意見評價及本身意見(包括事實上及法律上意見)。
5.觀審員聽取法官意見後回應之意見。
6.法官斟酌觀審員最後陳述意見進行評議。
7.作成判決。

刑事法庭布置既不是日本式安排與法官為鄰，亦非美式陪審團屈於一隅，而為正面第一排為法官席，第二排為陪審員席，第三排為書記官及傳譯席，法官席為最高依序降低其席位。

不管事實是否成立犯罪，事實真相必為惟一，檢察官必須對起訴事實，負實質舉證責任，如所提供證明犯罪之證據無從認定所述事實存在，在法律適用上應認被告無罪。如起訴之事實有一部被告主張為不實時，檢察官應就該主張事實存否加以證明，如無法證明應認被告所主張事實存在，因此檢察官不僅必須就被告構成犯罪事實要件提出證明，對於被告是否具違法性及罪責等事實亦應提出完整證明，其舉證才算完整無缺，才能說已盡其該有之職責。是以陪審團對於事實之認定，應分不同階段處理，例如事實為：「A有性侵B行為並著手進行，B為抵抗A侵害行為，而將A咬傷因失血過多而死亡」，B死亡結果經檢察官舉證，係因A咬傷結果，則當檢察官舉證後陪審團認定B死亡為A行為所致，認為A有殺人，被告主張雖咬傷A造成A失血過多而死亡，但其對於發生死亡結果沒有認識，應僅能成立過失殺人，檢察官必須舉證B意在造成A死亡結果為有故意，陪審團應再認定檢察官所述事實是否存在，如檢察官舉證當時A確有意在B死亡結果發生之事實，這在被告有故意殺人之事實被證明後，被告再提出有正當防衛之事實存在之主張，其事實存否，檢察官應就正當防衛之存否舉證，如檢察官舉證當時被告反應過當，並無正當防衛之情形存在，應認B不屬正當防衛，被告再主張雖不構成正當防衛，但依當時之情況，顯然難以期待其有其他方法足以避免為A所侵害，且不如此無法避免生命危險，檢察官即必須舉證當時有其他避免侵害方法，且在當時情況B應該有足夠時間選擇採取其他避免之方法，而認定被告仍有罪責，B犯罪事實才能成立。如果檢察官雖舉證B有使A死亡結果，但無法舉證B有殺人故意或其後更主張正當防衛或有阻卻罪責事由時，則可能僅成立過失殺人或根本不構成犯罪。如果檢察官不能舉證B行為有使A死亡結果發生，或根本A死亡結果發生與B完全無關，訴訟就此結束。至於陪審團就事實認定究竟要達到何種精細程度或陪審團是否有足夠專業能做到如此精細判斷，而檢察官所調查之事實是否合盤托出移送法院，或僅就構成犯罪主要事實提出於法院(檢察官仍應就其他事實調查預為準備)是爾後刑事政策上所要考量。

最近司法院努力在推動觀審制,受到部分法律人批評觀審制無表決權,判決仍必須由法官為最後決定,不若陪審制具有實質表決判決之權力,當然所述理由均有見地,不過英美陪審制仍然有其缺點存在,以及台灣民情上泛道德化對於能決定審判結果,恐怕更無法令人滿意,其實人民參與審判應該與職業法官在審判過程中能有效分工,陪審員在審判中只作事實認定(具事實客觀觀察),至於法律適用應該由具法律專業之法官負責,如此分工可以免除陪(觀)審員聊備一格之譏,
具體做法:
一個犯罪成立必須是犯罪事實符合刑法構成要件(構成要件該當性)包括客觀構成要件及主觀構成要件，如果認為均該當時，尚需審酌是否具違法性及具有罪責，只有經三階層檢驗均成立時，才能判定是否犯罪。因此陪審團所認定者應該是犯罪事實是否「存在」，而非是否「有罪」，犯罪事實確認後，仍需經過法律檢驗判斷是否成立犯罪，並據而論罪科刑。至於陪審團判斷事實需到何等程度，可能僅到犯罪構成該當性階段(不包括主觀犯意認定)，或可能到違法性階段之事實認定。在罪責部分因涉及犯罪人本身主觀因素，非屬事實認定不在陪審團認定範圍。因此雖然有陪審團之存在，就法律適用上仍需有具法律專業之法官來處理。