從待證事實之內容及訴訟兩造之攻防結構觀之，上訴人（按即：營業人）雖對請求權成立之待證事實負擔舉證責任，但其只要證明有溢付稅款存在及其數額多寡，即應認初步認其已盡其舉證責任，而為請求權成立之判斷。此時稅捐機關則應為提出反證，以使待證事實重新陷入真偽不明之狀態。

    稅捐機關（即本案之被上訴人）依營業稅法第三十九條第一項之規定踐行稅捐稽徵程序上之調查義務時，其固然可以依稅捐稽徵法第
三十條第一項之規定，要求上訴人履行協力義務，而交付相關會計資料。

    在退稅請求權存在與否之爭議中，稅捐機關得所得主張有效或有說服力之反證事實卻有一定之範圍，其內容大體如下：
一、將請求退稅營業人之過往報繳記錄，配合其他營業人之報繳資料合併觀察，足以「高度懷疑」其有「虛增」進項憑證之嫌疑者。

二、或有事證足以證明請求退稅之營業人，有不開立統一發票予後手而開立他人統一發票予後手，而漏報銷項稅額之情形者。

    即使稅捐機關反證主張成功，但法院之心證是確認請求權存在，但得退還之金額有懷疑，基於比例原則之考量，仍不能將請求全部駁回，而應在保守估計之基礎下，認列其請求金額。

    然而稽徵程序中，稅捐事實之調查本是稅捐機關自行應負擔之義務，稅捐債務人只有配合調查之義務，協力義務應在此觀點下理解。因稅捐機關調查退稅請求權成立及金額大小之過程中，其要求營業人履行協力義務之前提，必須是對請求權成立及營業人主張範圍之真實性已有合理懷疑基礎存在，而需對應之文件來澄清。而不可毫無節制地任憑己意，要求當事人提出「難以提供、又與待證事實認定無關」之相關資料。不然人民之「協力義務」即失其「協力」之意涵，而變成稅捐機關刁難人民，拒絕退稅之藉口。再者稅捐關係人違反協力義務時，其產生之效果不外是「失權」、「處罰」與「在舉證責任配置不改變之情況下，實質降低稅捐機關對待證事實或反證事實之證明高度」三大類。其中「失權」與「處罰」屬於法律效果之一種，必須有實證法之明文以符合稅捐法定原則之要求，而證明高度之降低則是事務本質上導出之實證效果，並與前開稅捐爭訟法領域之舉證責任配置議題相連結。

    此一判決獲選為最佳判決之理由係：判決清楚區分稅務機關調查義務、舉證責任歸屬及人民協力義務關係，並從法理清楚闡述人民協力義務之界限，對納稅人權利保護有重大貢獻。

    遺贈稅法第十條之二第三款本文及但書規定，既已將孳息部分信託利益之權利性質，先予區分為不固定孳息及固定孳息兩種類型，並按其權利性質之類型特徵差異，各以不同之推計方法折算信託契約訂定時之權利現值，顯見孳息他益信託契約訂定時，孳息權利價值是否已明確、可得確定或不固定，要與認定信託行為是否屬於租稅規避行為無關。

    從而，委託人於簽訂孳息他益信託契約當時，孳息權利價值是否已明確、可得確定或不固定，或委託人是否知悉上情，均不應作為委託人之信託行為是否成立租稅規避之判斷標準，而應回歸其實質經濟事實關係及所生實質經濟利益之歸屬與享有，是否與信託法律形式一致之觀察。