刑事訴訟之主體乃法院（法官）、原告或檢察官及被告三者。刑事訴訟內容則是確認犯罪行為存在與否和所應適用之法條行為，及被告應否擔負罪責。今國務機要費案之檢察官雖未就起訴書中將總統列為被告，也就是總統並非本案訴訟之主體，但起訴內容卻明白指出總統夫人吳淑珍女士「基於共同意圖為自己不法所有之概括犯意，利用陳水扁總統請領國務機要費之職務上之機會，……詐領得之國務機要費計新台幣14,808,408元」云云，並指明「總統陳水扁先生所涉貪污及偽造文書罪嫌因受憲法第五十二條（憲法第五十二條規定：總統除犯內亂或外患罪外，非經罷免或解職，不受刑事上之訴究。）之保障，俟其經罷免或解職後再行訴究」，而吳淑珍女士為共同正犯，且無憲法第五十二條之保障，故將吳淑珍起訴貪污及偽造文書罪。

　　綜觀檢察官於國務機要費案之起訴書中，雖未將陳水扁總統列為被告提起公訴，但陳水扁總統支用國務機要費之職權行為的合法性已實際被訴究於檢察官之起訴書中。換言之，檢察官起訴之被告眾人中雖未包括總統本人，但其所訴究之內容乃總統執行其職權所衍生之爭議；且檢察官之起訴書指明陳水扁總統乃是本案之正犯，也就是犯罪人，但只是檢察官礙於憲法第五十二條故尚未起訴之而已。

　　假設本案最後判決認為吳淑珍有罪，雖然陳水扁總統因非被告身份而不會被法院「判刑」，但其「詐領得之國務機要費」之行為已然被法院裁判為「有罪」！但在法院的訴訟過程中，陳水扁總統無法為自己在起訴書中被指控貪污及偽造文書正犯的罪行辯駁，只因「犯罪嫌疑人」非為「被告」而喪失一切訴訟上之保障與權能，對於基本人權之維護乃一重大打擊。且法院若依此繼續審判，不但實際上已訴究了總統因行使職權所衍生之爭議，與憲法第五十二條所要保障總統不受刑事訴究之意旨顯有不符；且已實際捲入憲法第五十二條所要避免法院捲入的政治問題中。故本案有人主張法院應為不受理判決。但法院對於檢察官所提之公訴卻難以為不受理判決！

刑事訴訟法第三百零三條規定：
　　案件有下列情形之一者，應諭知不受理之判決：
　　　　一、起訴之程式違背規定者。
　　　　二、已經提起公訴或自訴之案件，在同一法院重行起訴者。
　　　　三、告訴或請求乃論之罪，未經告訴、請求或其告訴、請求經撤回或
　　　　　　已逾告訴期間者。
　　　　四、曾為不起訴處分、撤回起訴或緩起訴期滿未經撤銷，而違背第二
　　　　　　百六十條之規定再行起訴者。
　　　　五、被告死亡或為被告之法人已不存續者。
　　　　六、對於被告無審判權者。
　　　　七、依第八條之規定不得為審判者。

　　其中第一項第六款規定：「對於被告無審判權者。」因陳水扁總統乃非本案眾多「被告」之一，故法院無法據此判決不受理。因此，法院在面對檢察官未列陳水扁總統為被告卻實際起訴陳水扁總統之「犯行」的違法之訴時陷入了進退維谷的困境，故法院只能先就憲法第五十二條所云之「訴究」先做定義，確認檢察官在發動「刑事訴訟」的第一步乃為偵察，故偵察中的訊問被告、對被告及犯罪嫌疑人之搜索及扣押等行為，本身即為訴追犯罪過程的重要部份。檢察官在明知陳水扁總統有憲法第五十二條除犯內亂或外患罪外不受刑事上之訴究之保障下，仍依刑事訴訟法第九十四條至第一百條等訊問訴追被告之職權取得證供；並依第一百二十二條至第一百五十三條對被告及犯罪嫌疑人之搜索及扣押等取得證物。檢察官依刑事訴訟程序對總統發動之偵察行為所取得的證供與證物均應認定是違法取證，檢察官應等總統被罷免或解職後才能依訴訟程序取證。

　　其間陳水扁總統雖有表示願拋棄憲法第五十二條之保障，然憲法第五十二條乃權力分立之重要原則，其目的乃在「禁止」司法權審核總統統治行為而實際參與了政治運作，故憲法第五十二條之「保障」是無法拋棄的。只要是總統依其憲法上之職權所為之統治行為，在其仍是總統的當下，司法機關即須自制而不得訴究，無所謂「拋棄」保障之問題。是以檢察官依訴訟法上職權對總統發動非內亂、外患之偵察，應屬破壞權力分立之重大違憲事項。

　　若法院在總統尚未被罷免或解職的情況下，承認檢察官取證之效力，則憲法第五十二條權力分立的架構將被破壞，更會羈絆總統職權之行使。因檢察官在有任何「犯罪嫌疑」的指控下，均得隨時依職權對總統發動偵察，但卻不予起訴，若總統有罪而無法受罰，則有損法律威信；若總統有冤卻無法於任內透過審判還其清白，亦有違正義。至此將使國家長期陷入動盪，而司法淪為政治鬥爭的工具。

　　依刑事訴訟法第一百五十八條之四規定：「除法律另有規定外，實施刑事訴訟程式之公務員因違背法定程式取得之證據，其有無證據能力之認定，應審酌人權保障及公共利益之均衡維護。」而憲法對此問題所做出的判斷是：除犯內亂、外患之罪外，均屬免於訴究的保障範圍，本案檢察官起訴之犯罪行為乃是貪污及偽造文書罪，故法院應就檢察官違背憲法行使追訴而違法取得之證供與證物認定為無證據能力，再依刑事訴訟法第三百零一條為無罪之判決。