國立台灣史前文化博物館南科分館，預計將在民國99年開始動工興建，根據南科館推動小組指出，當初南部科學園區開發的過程中發現有不少史前文物埋藏，因此才會有就地興建博物館的構想，同時併入由國立台灣史前文化博物館來統籌負責規劃，史前館副館長曾聖元表示，興建完成後的南科分館，將肩負文化保存的重大使命。

史前館「南科館推動小組」96年5月正式成立，由史前館本館研究人員帶領，陸續招募典藏、展示、建築工程等專業人員，首先針對目前遺址文物出土情形，進行典藏庫空間及設備的細部規劃研究。
推動小組並從今年起，陸續啟動多項展示與教育推廣的相關計畫，除了積極將南科考古出土研究成果化為展示內容外，為因應南科分館強調「教育」與「推廣」的使命，更著手研發互動式創意網頁，量身訂做兒童考古發掘體驗學習軟體，期望透過網路與電玩遊戲獨特的溝通方式，將生硬的學術語言轉化，讓一般民眾也能體會考古學的迷人之處。
史前館副館長曾聖元說，
國立台灣史前文化博物館南科分館的籌建進度預定9月進行PCM專案管理廠商徵選；年底到明年年年初進行館舍建築規劃評選；至於原訂98年度土地購買經費預算部分，也積極向教育部爭取中，等經費核撥後，就可以按進度取得土地，並進入工程施工階段，籌建史前館南科分館。

史前館副館長曾聖元進一步指出，由於國內過去的教育比較不重視考古學這個區塊，一般的民眾對於國內本土的考古學了解相當有限，因此史前館未來除了要積極透過展示和教育來加強推廣之外，也希望繼南科分館之後，能夠有中部和北部分館的興建，讓更多人發現遠古的驚奇。