水仙宮為澎湖４大古廟（天后宮、觀音亭、城隍廟、水仙宮）之一。創建於清康熙35年（1696）為澎湖右營遊擊薛奎建宮祀之。內祀有５神像，大禹、伍員、屈原、項羽、魯班等５水仙尊王，俗稱水仙王，為浮海營生之商船、漁民所敬拜。



乾隆15年（1750）位於媽宮古渡口之水仙五王廟，因年久失修，磚瓦坍塌。時任澎湖糧捕通判何器和邱有章乃倡儀重修，並於同年10月竣工。至乾隆45年（1780），澎協副將招成萬率同海澄監生部志達勸捐重修。道光６年（1826）左營遊擊阮朝良興議，會同通判蔣鏞、護理協鎮沈朝冠、協鎮孫得發、置左營遊擊黃步青、溫兆鳳、右營遊擊蕭得華、守備周天成。吳國彩等倡捐改造。至光緒元年（1875）媽宮街商民黃鶴年等鳩資修建，並充為臺廈郊會所，以為行商棲止之處。日治時期，明治33年（1900）改稱為臺廈郊實業會館。昭和４年（1929）由媽宮街人士高恭、陳壁、呂旺、許波等13人發起改建，將水仙宮拆建成一棟２層樓建物。樓上祀神，底樓做為店業承租。



澎湖行郊亦稱臺廈郊，簡稱澎郊。由臺郊金利順、廈郊金長順合組而成。創立年代未詳，但於清乾隆、嘉慶年間已有所聞，而同治、光緒年間為業務往來繁盛時期。當時相對貿 暢口岸有福建的廈門、同安、泉州、漳州，輸出品為花生仁、花生油、魚乾等。輸入品為布帛、磁器、瓦料、紙札、杉木等。對廣東南澳港則輸入糖、米、薪炭、雜糧、竹籐，輸出仍為花生仁、魚乾等特產。



臺廈郊之會所，早期設於天后宮後進之公善樓「清風閣」，光緒元年則遷至修建後的水仙宮。其組織採爐主制，逐年２名輪流辦理商務及祭祀事宜。惟乙未戰爭後，日治時期改稱為媽宮仲立商會，後再改為臺廈郊實業會。至中日戰爭時期，由於施行禁海令，致商務一落千丈。光復後民國35年（1946）重新整合澎湖商家，組成澎湖縣商會。會務及會址也已脫離臺廈郊之體制。今臺廈郊已轉型為金長順神明會，僅負責祭典事宜。