在這個課題上，誠如筆者在前文所說明的，畢達哥拉斯被強烈的神格化，分不清畢達哥拉斯的原始體系和後代弟子的衍生學說。透過最初的文獻，我們將會發現相同的問題在畢達哥拉斯與柏拉圖身上，拿不準到底這些學說是出自於柏拉圖及其傳人”畢達哥拉斯化”還是新柏拉徒主義者與新畢達哥拉斯主義者”柏拉圖化”。 但是現代評論家已經確定，傳世的畢達哥拉斯學派著作的絕大部份，基本上來自後人－公元后的新柏拉圖主義者和新畢達哥拉斯主義者的編撰。要進一步的釐清早期畢達哥拉斯主義與後人的不同，我們僅能依靠著亞里斯多德在其著作中對早期畢達哥拉思主義的引用跟批評。因此在這個問題上，我們似乎對接下來要敘述的學說內容，抱持著一種是後人依循著畢達哥拉斯本人的精神，並進一步加以深化及探索的看法，會比較真正地認識那些學說。

畢達哥拉斯學派對數的規範，亞里斯多德在《形而上學》某些部份有著些許片段的說明，”萬物皆數字”，或”數字在於萬物”，或”數，乃物之因與本”，或”萬物皆由數構成”。 那麼，到底是數先存在還是萬物先存在呢？亞里斯多德進一步的說明”(畢達哥拉斯學派)他們從數出發來’建構整個天界’”同時”他們說，一切存在物都是憑借’模仿’數而存在的。” 因此我們可以抓住某些畢達哥拉斯學派的基本概念－萬物是模仿數而存在的，數理才是構造萬物的真理。另外一點值得注意的是，畢達哥拉斯學派所指的數，應該被理解成正整數。 為了支持上述的觀點是符合於畢達哥拉斯的，筆者將以比較明顯的例子說明畢達哥拉斯學派數學與宇宙論的關聯性。

1. 有限與無限的數的意義：

畢達哥拉斯學派認為所有的數可以約略化分為偶數與奇數，將3視為1+1+1，5視為2+1+2；4視為2+2，6視為3+3，並且以此類推所有的數。我們會發覺所有的奇數中有一個「元一」的存在，反觀偶數則可以拆成兩個相等的數。如果我們以正方形與長方形做出一個奇數列與偶數列的類比，將數視為几何的點，便會得到一個形狀及邊長比永遠固定的正方形及一個形狀及邊長比永遠在變動的長方形。因為正方形的形狀是固定的，邊長比也是不變的，在其中又可以將所有奇數分離出一個「元一」，所以畢達哥拉斯學派視之為有限，陽性，元一的等等；偶數構成的長方形則剛好相反，被視為無限，陰性，多的等等。

2. 點線面體的四元概念與「元一」(幾何圖形代表的數的意義)：

以連續的三角形為例，畢達哥拉斯學派以﹛1,3,6,10…﹜和﹛1,4,10,20…﹜這兩個數列來說明不管是多大的三角形或多面數，存在物總是模仿數而存在。由於三角形的特徵不會改變，代表著三角形是有限的存在，在形狀上受到「元一」的節制，並且在所有形狀下，我們皆可分離出「元一」。這正是說明著「元一」存在於「多」的內部這個獨特的特性。

此外若我們繼續將數視為幾何的點，將發現畢達哥拉斯學派成功地歸納出由點構成空間的數學類比－1=點，2=線，3=面，4=立體的想法。因此對於(三角)正四面體，他們特別地崇拜，因為正四面體可以對應著﹛1+2+3+4(=10)﹜的數列，而10代表著完美的整體。這個數列代表著奇數與偶數的數目相等，初始數的數目與複合數的數目也相等，奇數與偶數在四面體中達到平衡。他們認為四面體是萬物的本源，如同畢達哥拉斯學派一個著名的誓詞中寫道：

不，而是他在天上揭示
四面體是無窮無盡大自然的
泉源與根本。

3. 亞里斯多德歸納出的「範疇表」：

根據亞里斯多德在《形而上學》歸納出的一個整理， (見附圖)似乎是畢達哥拉斯學派(或是阿耳克梅翁)的概念。 這張圖表顯示數的對立關係可以分化成十項的對立項，是畢達哥拉斯學派依據一種直覺演繹方式所獲知的數的象徵意義。它的基礎在於數的「有限」與「無限」，進而類比至單一個、相同的奇數圖形：眾多、相異的偶數圖形。或是奇數圖形恆靜：偶數圖形恆動，並且可類比到有序宇宙(cosmos)的天球恆做等速率圓週運動：行星則是做不規則運動..etc。最後有限與無限間的對立，也可以化約為善與惡的對立。這是一個希臘人普遍具有的概念，對「善」持著「現實主義」的看法，將有限宇宙中那個存在的「一」類比成對「普遍性」的追求，留給後世。

4. 3,5與10所隱含的意義：

在畢達哥拉斯學派的學說中，3這個數字具有神聖完滿的意義。如亞理士多德《論天》所說「因為，畢達哥拉斯學派的觀點也是這樣：3之數確定整體和萬物，既然是三合一的組成部份－結束、中間、開端－也確定整體。」 在他看起來，畢達哥拉斯學派將3視為「一切」的同義語，因為希臘人用「對立的2」表示兩物的整數，希臘語中只有三和三以上才要求「複數」。因此，三元成為一切穩定而完美結構的模式，剛好也可與三維空間(四面體)相對應，就有了構成整個音階的3種和諧音程。 與數字3有些類似，數字10的意義也代表著「一切」。因為畢達哥拉斯學派並不考慮10以上的數，而將自然數看成10類：第一類被10除會餘1；第二類被10除餘2…etc。例如11=10+1，12=10+2，20=10+10(沒有餘數) …etc。于是一切起始於10之中，也終止於10的變化，具有一個重要的象徵意義。 數字5則是內藏於天球的一個數字。例如正五角形向左旋轉五次便會回到原點，向右轉五次亦然，具有一個完滿的特性(被視為萬物循環之數)。除此之外，數字5內藏於天球的另一個理由是有序宇宙包含萬物，可以視為數字10所代表的「一切」。5+5=10，又是唯一自乘可重新獲得自身同一性的數，故與天球相合。另外的，5是一個婚禮數，有著偶數2和奇數3的共同性，既又諧調又有分別。因此數字5是一個象徵意義極其豐富的數。

因此在上述的資料中，我們稍可窺知畢達哥拉斯學派將數與神密主義結合起來，並且如何將這種直觀演繹的數學關係類比於宇宙論之中。另外的，對於畢達哥拉斯學派這個團體內部實行著森嚴的等級制度，上下之別依據著宇宙模式，有著進一步的認識。