「桜はきれいです」という文は、「桜」が「花」であることを知っているのを前提とした発話であるようにも思われます。しかし、「桜はきれいな花です」と発話する話し手が「桜」が「花」であることを知らないとは、現実的には考えにくく、やはり「桜」が「花」であることを前提としていると考えるのが妥当でしょう。

実際、「桜はどんな花ですか」との質問に対して、「桜はきれいな花です」とこたえることが可能であり、話し手は「さくら」が「花」であることを前提に発話しています。また逆に、「桜」というものが何であるのか知らない聞き手に、「桜」が何であるのかを考えるためのヒントとして「桜は食べ物ではありません」「桜はきれいです」のように言うことも可能です。

結局のところ二つの文の違いは、一方がナ形容詞（形容動詞）述語文であり、もう一方が名詞述語文であるということに還元される問題であるように思います。「桜はどんな花ですか」との問いへの、「桜はきれいです」という返答は、不自然であると感じられるでしょう。