以職權調查原則為基石構成現代歐陸的刑事程序前，其主要的刑事程序是採取「糾問」的方式進行。糾問程序最早可溯及到羅馬帝國時期，時值國家權力發展並集中化，司法與行政權力的區分逐漸消融，即使是在彈劾模式的刑事程序，法官也肩負起較為積極的角色，參與犯罪事實的發現。 雖然羅馬帝國時期，國家權力的集中化促使其刑事程序帶有糾問之色彩，但整體刑事程序仍建立在彈劾模式的訴訟結構。 所以目前普遍認為，糾問程序應以12世紀的教會法為其起源。這並不是說教會法獨自發明創造了糾問程序，相反的，它是先借用了世俗法院的一些制度後予以修改適用，終在1100年左右大致完善其特有的刑事程序。事實上早在800年時，教會就已經採取一些帶有糾問性質的程序，例如被告因受公眾指責犯有不名譽之罪，並經法官證實公眾的指責確實存在，教會就此容許對該名被告提出訴訟，法官也沒有義務證明被告確實有罪，被告反而必須自行證明受指責之控訴不成立。換言之，這個時期的教會法容許「無需控訴人的不名譽罪追訴」（notoria accusatore non indigent）。 到了12世紀，經過教會法學家提出論據，教會的刑事程序有了重大變革。亦即法官雖可根據公眾指責之不名譽犯罪傳喚或逮捕被告，但「法官」必須「證明」被告的犯罪事實，才能進一步非難被告。 一直發展到18世紀後，才開始對糾問程序所衍生的弊病進行重大改革。從今日的眼光來看，糾問程序中的法官身兼追訴者的角色，猶如當代的檢察官般，將偵查犯罪事實、發現並蒐集證據等，視為糾問官的權力與職責。

雖說今日歐陸刑事程序已與過去的糾問有重大差別，但是主導審判程序進行的權力仍落在扮演主動角色的法官身上。法官或審判長可以決定應當傳喚什麼證人出庭，並且先行訊問證人。檢察官、被告律師在審判過程中，只不過是扮演補充性的角色。他們可以建議或請求法官傳喚其他證人出庭，並且也可以在法官訊問完證人之後對該證人提問。雖然控方及辯方可以如此要求傳喚或提問證人，但法官實際上依舊是控制審判程序的人。
或許是因為法官的角色太過積極主動，英美法學者在提及現代歐陸的刑事程序時，仍舊經常將之稱為糾問。德國學者Eser認為現今歐陸的刑事程序不宜稱為糾問，而應改稱為「職權調查」（self-instructorial）。此種模式基本上信賴專業法官的客觀性與中立性，因此給予法官相當大的蒐集與評價證據的裁量權力。 例如德國刑事程序法第244條第2項明文規定：「法院為了判斷真實，應當依職權探知所有與作成判斷相關的事實與證據。」該國學者通常稱此一規定為「職權調查原則」（principle of ex officio inquiries），它充分反映了德國刑事程序中法官主動蒐證的特徵， 亦即法官負有查明義務。此外，對於法官審前閱覽由警察、檢察官及（或）偵查法官所蒐集的證據、卷宗，也經常被認為是為了審判而進行的準備工作。 法官在審判中不僅負有蒐集證據的義務，審判長更主導了審判中證據的調查。可以說職權調查（inquiry ex officio）的查明真實原則，形塑了德國的刑事審判。